Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004566`

染色体: Chr01 坐标: 63727451-63732087 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004566`
名称	SmilChr01G004566
描述	beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	63727451 - 63732087 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131004264`
GeneID	`131004264`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131004264`
原始查询	`LOC131004264`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A-like
产物	beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A-like
Arabidopsis	`AT3G03690` (UNE7) Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821186] identity=71.6; qcov=0.816; evalue=1.52e-170; confidence=high
Rice	`Os10g0437000` - identity=62.7; qcov=0.911; evalue=4.36e-161; confidence=high
GO	GO:0015020 (glucuronosyltransferase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF02485 (Branch)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131004264

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057786893.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057786893.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057786893.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057786893.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057786893.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:63727708`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B112,B26,C40,C61,D10
`Chr1:63731630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B82,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786893.1

392 aa

196

392

Branch

PF02485 Branch 49-307 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057786893.1`	Pfam	`PF02485`	Branch	Family	49	307	5e-76	256.3	Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057930910.1
AACTCATGTATGTAGTAGTATATATAAATCTTCCCTTAGCTAAAGAGAATTTTGTATATAAAAATTTGATCATGTTATGTGAAGTTGAACTCGAATATGAGTGATATATGTTAGGATAAACCTCGAAAATTATATTATACCAACCTTTAATCAAGGAGAAAAAAAGGAGCATACACAAAGTGACAATTGAAACTTCAGCTTTGAACTTTGGGAGTCTCCTTCCCTTCCAAGAAAGGTAGCCCACTACACATCCCACATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131004264
ATGGACATGAAGCTCTTCACCTTATCTTTCATCCTAACCTCTCTCCTCTACCTGTCTGTCCTCTACATCCCCACAATGACGAGAATCCCCAAAGCAGCAACCACCTTCATCCTCCCACAACATCACAACCCCTACAACGCCACCTTCGCCTACCTCATCTCCGCCTCCTCCGGCGACACCATGAAGCTCAAACGCCTCATGCTCGCCCTCTACCACCCGGCCAACCACTACCTCATCCACCTCGACGCCTCCGCCCCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057786893.1
MDMKLFTLSFILTSLLYLSVLYIPTMTRIPKAATTFILPQHHNPYNATFAYLISASSGDTMKLKRLMLALYHPANHYLIHLDASAPADDHREIARFVSTNDVFAQVGNVWIVKNPNLVTYRGPTMLATTLHAMAMLLRTAKWDWFINLSASDYPLITQDDLIHAFSDLPKDLNFVQHTSHLGWKLNKRGKPIIIDPGLYSANKSEIWWVIKQRSLPTAFTLYTGSAWTVLSRSFAEYCIAGWDNLPRSLLLYYTNFVSSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器