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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004576

染色体: Chr01 坐标: 63798588-63805613 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004576
名称SmilChr01G004576
描述uncharacterized protein At4g18490-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63798588 - 63805613 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004321
GeneID131004321
locus_tag-
NCBI NameLOC131004321
原始查询LOC131004321

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827581]; symbol=AT4G18490; hit=AT4G18490; species=arabidopsis; confidence=weak
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827581]; symbol=AT4G18490; hit=AT4G18490; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT4G18490 (AT4G18490)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827581]
identity=38.4; qcov=0.175; evalue=1.73e-19; confidence=weak
RiceOs01g0755100
-
identity=45.7; qcov=0.135; evalue=1.37e-15; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF30961 (At4g18490)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004321

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057786952.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057786952.1
3 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057786960.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057786952.1
5 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057786952.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63798949 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B50
Chr1:63798949 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B50
Chr1:63798998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr1:63799015 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C36
Chr1:63799015 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C36
Chr1:63799027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B50,B67,C10,C32
Chr1:63799100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr1:63799120 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr1:63799523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:63799650 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:63799706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:63799868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C61,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786952.1
873 aa
N
1
436
873
At4g18490
At4g18490
C
PF30961 At4g18490 8-143 aa PF30961 At4g18490 709-847 aa
XP_057786956.1
872 aa
N
1
436
872
At4g18490
At4g18490
C
PF30961 At4g18490 8-143 aa PF30961 At4g18490 708-846 aa
XP_057786960.1
862 aa
N
1
431
862
At4g18490
At4g18490
C
PF30961 At4g18490 8-143 aa PF30961 At4g18490 709-846 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057786952.1 Pfam PF30961 At4g18490 Family 8 143 9e-29 101.3 At4g18490-like
XP_057786952.1 Pfam PF30961 At4g18490 Family 709 847 9e-29 101.3 At4g18490-like
XP_057786956.1 Pfam PF30961 At4g18490 Family 8 143 1.6e-28 100.4 At4g18490-like
XP_057786956.1 Pfam PF30961 At4g18490 Family 708 846 1.6e-28 100.4 At4g18490-like
XP_057786960.1 Pfam PF30961 At4g18490 Family 8 143 4.5e-28 99.0 At4g18490-like
XP_057786960.1 Pfam PF30961 At4g18490 Family 709 846 4.5e-28 99.0 At4g18490-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057930973.1
CGGAATTCGGCAGGGCTCCGCATTTTGCTCCATTAGTCATGTCATGTGTATATAAAACCCTACAACTCAAAATTTTAACCGCGTGTTCTATTTGGTGGCAGCTTCTCGCTCAAATTCCTGCAACTCTGATCACTCCAACTCAAGACTATCGGCCATGAGAAGGCAGAGGACGATGAAGTAGAGTATTCAATTCCAGAGTTTGGGGACACAACAGCAGATTCAAGAAAAGAACAAAGACGTTACTAGCTGCAAACGAAGAT...
XM_057930969.1
CGGAATTCGGCAGGGCTCCGCATTTTGCTCCATTAGTCATGTCATGTGTATATAAAACCCTACAACTCAAAATTTTAACCGCGTGTTCTATTTGGTGGCAGCTTCTCGCTCAAATTCCTGCAACTCTGATCACTCCAACTCAAGACTATCGGCCATGAGAAGGCAGAGGACGATGAAGTAGAGTATTCAATTCCAGAGTTTGGGGACACAACAGCAGATTCAAGAAAAGAACAAAGACGTTACTAGCTGCAAACGAAGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131004321
ATGGCAGACCCTCAGAAGAATAATCGTGTTTCTGTCAATGTGAAGGAGAAAGATCCTTTGCAAGATCTGGAAATTGGGAATGATTTCTTTTCTTGGAAATCAATGTCAATTGGAGAGGGGGATGGGCTGGATTTTGACATCGCTCCAGTTTCTAAGGGCAATAAGAAACTATTTAACTTTGAGAAAGCGGATATGGATTTTAATTTGGACGCTGATTTCGGAAAGATGTCATCTTTCAATTTGGATATATCCGATCTGGA...
LOC131004321
ATGGCAGACCCTCAGAAGAATAATCGTGTTTCTGTCAATGTGAAGGAGAAAGATCCTTTGCAAGATCTGGAAATTGGGAATGATTTCTTTTCTTGGAAATCAATGTCAATTGGAGAGGGGGATGGGCTGGATTTTGACATCGCTCCAGTTTCTAAGGGCAATAAGAAACTATTTAACTTTGAGAAAGCGGATATGGATTTTAATTTGGACGCTGATTTCGGAAAGATGTCATCTTTCAATTTGGATATATCCGATCTGGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057786952.1
MADPQKNNRVSVNVKEKDPLQDLEIGNDFFSWKSMSIGEGDGLDFDIAPVSKGNKKLFNFEKADMDFNLDADFGKMSSFNLDISDLDNSPPLKKDAKSKEKPQESSSGKNKGKTDRFAFGFDFDELDDFSFDSPKKEGTKAQSDNKESSSNGSGCQDKEGSTHINETGSKSTSKDGPQKPSLPESRITFDMDFEPTREICPSNFAMDDIVTQEHLAAIDEGPTGEVKGPLETTISREIPNISPSKKLVSRGQVDLEACIT...
XP_057786956.1
MADPQKNNRVSVNVKEKDPLQDLEIGNDFFSWKSMSIGEGDGLDFDIAPVSKGNKKLFNFEKADMDFNLDADFGKMSSFNLDISDLDNSPPLKKDAKSKEKPQESSSGKNKGKTDRFAFGFDFDELDDFSFDSPKKEGTKAQSDNKESSSNGSGCQDKEGSTHINETGSKSTSKDGPQKPSLPESRITFDMDFEPTREICPSNFAMDDIVTQEHLAAIDEGPTGEVKGPLETTISREIPNISPSKKLVSRGQVDLEACIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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