当前解析结果
SmilChr01G004615| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004615 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004615 |
| 描述 | NADPH--cytochrome P450 reductase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 64132714 - 64138099 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131004363 |
|---|---|
| GeneID | 131004363 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131004363 |
| 原始查询 | LOC131004363 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NADPH--cytochrome P450 reductase-like |
| 产物 | NADPH--cytochrome P450 reductase-like |
| Arabidopsis | AT4G30210 (ATR2)P450 reductase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829144] identity=73.1; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0558900 (OsCPR3)- identity=69.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003958 (NADPH-hemoprotein reductase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0010181 (FMN binding); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00175 (NAD_binding_1); PF00258 (Flavodoxin_1); PF00667 (FAD_binding_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131004363 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057787020.1 |
| 2 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.40000 | XP_057787020.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057787020.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057787020.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057787020.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:64134191 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C80 |
Chr1:64135178 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,C37 |
Chr1:64136123 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,C15,C21 |
Chr1:64136898 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C27,C52 |
Chr1:64137332 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:64137705 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787020.1PF00258
Flavodoxin_1 104-247 aa
PF00667
FAD_binding_1 308-529 aa
PF00175
NAD_binding_1 566-676 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787020.1 |
Pfam | PF00258 |
Flavodoxin_1 | Domain | 104 | 247 | 1.8e-33 | 116.4 | Flavodoxin |
XP_057787020.1 |
Pfam | PF00667 |
FAD_binding_1 | Domain | 308 | 529 | 2.3e-69 | 234.1 | FAD binding domain |
XP_057787020.1 |
Pfam | PF00175 |
NAD_binding_1 | Domain | 566 | 676 | 2.8e-19 | 70.5 | Oxidoreductase NAD-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。