Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004577`

染色体: Chr01 坐标: 63806068-63811698 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004577`
名称	SmilChr01G004577
描述	cationic amino acid transporter 2, vacuolar-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	63806068 - 63811698 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131004370`
GeneID	`131004370`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131004370`
原始查询	`LOC131004370`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cationic amino acid transporter 2, vacuolar-like
产物	cationic amino acid transporter 2%2C vacuolar-like
Arabidopsis	`AT1G58030` (CAT2) cationic amino acid transporter 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842170] identity=69.3; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0654400` (OsCAT4) - identity=68.6; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006865 (amino acid transport); GO:0015171 (amino acid transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00324 (AA_permease); PF13520 (AA_permease_2); PF13906 (AA_permease_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131004370

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057787031.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057787031.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057787031.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787031.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787031.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:63806513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:63806926`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B130
`Chr1:63806926`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B130
`Chr1:63807232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787031.1

647 aa

324

647

AA_permease

AA_permease_2

AA_permease_C

PF00324 AA_permease 52-424 aa PF13520 AA_permease_2 52-429 aa PF13906 AA_permease_C 572-622 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787031.1`	Pfam	`PF00324`	AA_permease	Domain	52	424	5.6e-40	138.1	Amino acid permease
`XP_057787031.1`	Pfam	`PF13520`	AA_permease_2	Family	52	429	1.1e-52	180.1	Amino acid permease
`XP_057787031.1`	Pfam	`PF13906`	AA_permease_C	Domain	572	622	1.2e-20	74.0	C-terminus of AA_permease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931048.1
AAGTACTCCATTATTTCCATTGGGATTTGGAATCTCATCAACGAAACCAATAAAAAAAAATGGAAATGAGTGGACTAGAGCCGAGTTAAATGCACACATTCTTTAGCTTCATTGGGCAACCCACAACAATCAACAAAAATTCCGTCAGAATCTCGTTTCCTCTCTCTCAGCTGAATCTCTGTAACAGCAACCCCCAGCCCTCCCAATTCCCCCAAAGGCCATAATCCATCGAAAAATTCAATCTTTATCCACTTTGGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131004370
ATGGGATTTCTTAGTGATACACAGAATGATAATGGTAATGGAAACTGTGCCGCCGGGGGTTTCATGTCTCTCGTGAGGAGGAAACAGGTTGATTCTGATCGTGCCAAGACGTCGTCGTCTCATCATCATTTGGCTAAGGCTCTCACTATTCCTCATCTCATAGCCATAGGAGTTGGTTCAACTATCGGTGCTGGTGTATATATTCTTGTTGGTACTGTTGCAAGAGAGCACTCAGGGCCGGCGCTTACATTTTCCTTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787031.1
MGFLSDTQNDNGNGNCAAGGFMSLVRRKQVDSDRAKTSSSHHHLAKALTIPHLIAIGVGSTIGAGVYILVGTVAREHSGPALTFSFLIAGIAAALSAFCYAELASRCPSAGSAYHYSYICVGEGVAWLIGWALILEYTIGGSAVARGISPNLALLFGGADSLPMFLARHTIPGIDVVVDPCAAILVFVVTGLLCVGIKESTFVQGIVTAANICAMIFVIVAGGYLGFKTGWPGYQLQSGYFPFGADGMLAGASTVFFSYI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器