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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004582

染色体: Chr01 坐标: 63856577-63859827 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004582
名称SmilChr01G004582
描述probable GTP-binding protein OBGM, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63856577 - 63859827 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004419
GeneID131004419
locus_tag-
NCBI NameLOC131004419
原始查询LOC131004419

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable GTP-binding protein OBGM, mitochondrial
产物probable GTP-binding protein OBGM%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G07615 (AT1G07615)
GTP-binding protein Obg/CgtA [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007670]
identity=55.7; qcov=1.01; evalue=7.84e-169; confidence=high
RiceOs11g0704300 (OsObgM)
-
identity=62.3; qcov=0.507; evalue=1.57e-110; confidence=medium
GOGO:0000287 (magnesium ion binding); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005739 (mitochondrion)
KEGG-
PfamPF00025 (Arf); PF01018 (GTP1_OBG); PF01926 (MMR_HSR1); PF02421 (FeoB_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004419

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057787091.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057787091.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787091.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787091.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787091.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63856735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr1:63857044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C18
Chr1:63857079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B25,B93,C48,D7
Chr1:63857080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A24,C49,C85
Chr1:63857335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B25,B93,C48,D7
Chr1:63857621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr1:63857750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:63857780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,D7
Chr1:63857831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr1:63857840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B32
Chr1:63857981 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 31 A13,A5,A9,B10,B100,B101,B119,B126,B134,B14,B19,B2,B25,B52,B63,B73,B86,B88,B91,B93,C11,C16,C33,C4,C43,C45,C58,C6,C69,C84,C9
Chr1:63857983 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 31 A13,A5,A9,B10,B100,B101,B119,B126,B134,B14,B19,B2,B25,B52,B63,B73,B86,B88,B91,B93,C11,C16,C33,C4,C43,C45,C58,C6,C69,C84,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787091.1
523 aa
N
1
262
523
GTP1_OBG
MMR_HSR1
FeoB_N
Arf
C
PF01018 GTP1_OBG 49-140 aa PF01926 MMR_HSR1 337-463 aa PF02421 FeoB_N 338-501 aa PF00025 Arf 340-499 aa
XP_057787101.1
523 aa
N
1
262
523
GTP1_OBG
MMR_HSR1
FeoB_N
Arf
C
PF01018 GTP1_OBG 49-140 aa PF01926 MMR_HSR1 337-463 aa PF02421 FeoB_N 338-501 aa PF00025 Arf 340-499 aa
XP_057787106.1
523 aa
N
1
262
523
GTP1_OBG
MMR_HSR1
FeoB_N
Arf
C
PF01018 GTP1_OBG 49-140 aa PF01926 MMR_HSR1 337-463 aa PF02421 FeoB_N 338-501 aa PF00025 Arf 340-499 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787091.1 Pfam PF01018 GTP1_OBG Domain 49 140 3.7e-32 111.8 GTP1/OBG
XP_057787091.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 337 463 7.5e-25 88.0 50S ribosome-binding GTPase
XP_057787091.1 Pfam PF02421 FeoB_N Domain 338 501 3.3e-11 43.6 Ferrous iron transport protein B
XP_057787091.1 Pfam PF00025 Arf Domain 340 499 1.1e-06 29.0 ADP-ribosylation factor family
XP_057787101.1 Pfam PF01018 GTP1_OBG Domain 49 140 3.7e-32 111.8 GTP1/OBG
XP_057787101.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 337 463 7.5e-25 88.0 50S ribosome-binding GTPase
XP_057787101.1 Pfam PF02421 FeoB_N Domain 338 501 3.3e-11 43.6 Ferrous iron transport protein B
XP_057787101.1 Pfam PF00025 Arf Domain 340 499 1.1e-06 29.0 ADP-ribosylation factor family
XP_057787106.1 Pfam PF01018 GTP1_OBG Domain 49 140 3.7e-32 111.8 GTP1/OBG
XP_057787106.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 337 463 7.5e-25 88.0 50S ribosome-binding GTPase
XP_057787106.1 Pfam PF02421 FeoB_N Domain 338 501 3.3e-11 43.6 Ferrous iron transport protein B
XP_057787106.1 Pfam PF00025 Arf Domain 340 499 1.1e-06 29.0 ADP-ribosylation factor family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931123.1
AGTAAATATGTAAATATAAAATTGCAAGGTTAAATTTCAAAGGGACAAAACTGGCATTTCTTCTAGTTCCACACTTCAACTATTTAAGCTACAAACGCAAGATTCAACTTTTACGTTGTTCTCGTTCGAGCTTAAACCCTCCATAGCTGAAGATATCTTCGGTCTTCAGCCACCATTTGTCTTTATTGCTGGTGGCGGTTCCATACCATTGAGCCCAACTGGGAGTTCTGTTTAAGTTCAGATTCATTTGTGGAGCTTGG...
XM_057931118.1
TCCACACTTCAACTATTTAAGCTACAAACGCAAGATTCAACTTTTACGTTGTTCTCGTTCGAGCTTAAACCCTCCATAGCTGAAGATATCTTCGGTCTTCAGCCACCATTTGTCTTTATTGCTGGTGGCGGTTCCATACCATTGAGCCCAACTGGGAGTTCTGTTTAAGTTCAGATATTGATCTCCTTGAGTGACGAGGTGTTGAGAAGGGATGTGGTCATGGAGCAGAAAAACAACCACGTATTTGGAAGCTATCACAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131004419
ATGTGGTCATGGAGCAGAAAAACAACCACGTATTTGGAAGCTATCACAAAATTCTCAACGTCGCAATGGCTTTCCCTTTCTTGCTCTTATTCAGGCAGTTCTTCCATGAGGAAGAAAGTTGCACCTTTACAGGAGCGCAAAATGATAGATCAATTCAGGCTATGTGCTAAAGGAGGTGATGGAGGAACTGGTTGTTTCAGTGTTCGTCGCAGCCGTCATGACCGACGTGGCAGACCTGATGGTGGTGATGGTGGCAGAGG...
LOC131004419
ATGTGGTCATGGAGCAGAAAAACAACCACGTATTTGGAAGCTATCACAAAATTCTCAACGTCGCAATGGCTTTCCCTTTCTTGCTCTTATTCAGGCAGTTCTTCCATGAGGAAGAAAGTTGCACCTTTACAGGAGCGCAAAATGATAGATCAATTCAGGCTATGTGCTAAAGGAGGTGATGGAGGAACTGGTTGTTTCAGTGTTCGTCGCAGCCGTCATGACCGACGTGGCAGACCTGATGGTGGTGATGGTGGCAGAGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057787091.1
MWSWSRKTTTYLEAITKFSTSQWLSLSCSYSGSSSMRKKVAPLQERKMIDQFRLCAKGGDGGTGCFSVRRSRHDRRGRPDGGDGGRGGDVILECSAAVWDFRGLQHHINAKRGGNGISKNMIGSRGDDKVVLVPVGTVIHLIEGDFPSSVEKKSSGILDPWDIPGTLDFGSSESSRQSTSEGREKMEKTANVNENSAPSSKEDFKEPPSPQFSHSRGKPRNQIESDFFPKAHGYSEWEDMDGEVSVSGSECEEDMEEVDE...
XP_057787101.1
MWSWSRKTTTYLEAITKFSTSQWLSLSCSYSGSSSMRKKVAPLQERKMIDQFRLCAKGGDGGTGCFSVRRSRHDRRGRPDGGDGGRGGDVILECSAAVWDFRGLQHHINAKRGGNGISKNMIGSRGDDKVVLVPVGTVIHLIEGDFPSSVEKKSSGILDPWDIPGTLDFGSSESSRQSTSEGREKMEKTANVNENSAPSSKEDFKEPPSPQFSHSRGKPRNQIESDFFPKAHGYSEWEDMDGEVSVSGSECEEDMEEVDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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