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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004590

染色体: Chr01 坐标: 63907198-63910815 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004590
名称SmilChr01G004590
描述nucleotide-sugar uncharacterized transporter 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63907198 - 63910815 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004498
GeneID131004498
locus_tag-
NCBI NameLOC131004498
原始查询LOC131004498

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleotide-sugar uncharacterized transporter 1
产物nucleotide-sugar uncharacterized transporter 1
ArabidopsisAT5G57100 (AT5G57100)
Nucleotide/sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835814]
identity=70; qcov=0.957; evalue=1.76e-146; confidence=high
RiceOs02g0724500 (OsSTA72)
-
identity=68.5; qcov=0.93; evalue=1.2e-129; confidence=high
GOGO:0005464 (UDP-xylose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity)
KEGG-
PfamPF03151 (TPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057787175.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057787183.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057787183.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057787175.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787175.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63907636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,C38,C75
Chr1:63907639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:63908425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,C15,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787175.1
383 aa
N
1
192
383
TPT
C
PF03151 TPT 59-337 aa
XP_057787183.1
300 aa
N
1
150
300
TPT
C
PF03151 TPT 59-246 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787175.1 Pfam PF03151 TPT Family 59 337 3.7e-17 63.4 Triose-phosphate Transporter family
XP_057787183.1 Pfam PF03151 TPT Family 59 246 8e-14 52.4 Triose-phosphate Transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931192.1
ATTTATACTAATGAAAAGCGGCCCCTTCGGCCCTTCCCATTGAATACAAGCTCACAAAAGTATAGTAATTAGGATACTTCCAATTCCAAACGGGCCCTTATAGTCTCTCTCAATCTCGCCGCAAAATCCTCTCTCTCTCTAAATCTGCAGATTGTGAAGATTTTTGTCTCATTTTTTCCATCTGGTGATCAGGGTTTTCTGATATACACCCGTGAAATGTATATTTTCTTCACTCTCATAGACTGAGTTTGCCGTGCCAG...
XM_057931200.1
TGAATACAAGCTCACAAAAGTATAGTAATTAGGATACTTCCAATTCCAAACGGGCCCTTATAGTCTCTCTCAATCTCGCCGCAAAATCCTCTCTCTCTCTAAATCTGCAGATTGTGAAGATTTTTGTCTCATTTTTTCCATCTGGTGATCAGGGTTTTCTGATATACACCCGTGAAATGTATATTTTCTTCACTCTCATAGACTGAGTTTGCCGTGCCAGTCACTTATATATACATACATACGCCATATGTATATCATAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131004498
ATGTTGGGTTTTTTGCTCAGGAAAGATGTCAGGAAAATTCTCAAACGCAAGGATAGTGACGCCGGTGAAAAAGGTAGAGCCCTGGAGGAATTACGGGCATCTATGTTTAGCAGATTCCGGTCAGTCAGTGGGTCCAAGCGGCAACAGCAATCTCTCTGGGCGCCCACTATTGCCCTTACATTCAATTTTTTGGTTTCTGTTAGTATTATCTTGATGAACAAACTGGTACTCGTCAACACTGGGTTTAATTATCCAATATT...
LOC131004498
ATGTTGGGTTTTTTGCTCAGGAAAGATGTCAGGAAAATTCTCAAACGCAAGGATAGTGACGCCGGTGAAAAAGGTAGAGCCCTGGAGGAATTACGGGCATCTATGTTTAGCAGATTCCGGTCAGTCAGTGGGTCCAAGCGGCAACAGCAATCTCTCTGGGCGCCCACTATTGCCCTTACATTCAATTTTTTGGTTTCTGTTAGTATTATCTTGATGAACAAACTGGTACTCGTCAACACTGGGTTTAATTATCCAATATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057787175.1
MLGFLLRKDVRKILKRKDSDAGEKGRALEELRASMFSRFRSVSGSKRQQQSLWAPTIALTFNFLVSVSIILMNKLVLVNTGFNYPIFLTFIHYVCSWLIMAILKALSILSLSPPSKSTKYSTLLSLGIVMSLSTGLANVSLKYNSVGFYQMAKIAVTPAIVLAEFILFRKRISRQKVLALTIVSVGVAVATVTDLQFHFFGACIALAWIVPSAVNKILWSNLQQQDNWNALALMWKTTPITLFFLVMLMPSLDPPGVLSF...
XP_057787183.1
MLGFLLRKDVRKILKRKDSDAGEKGRALEELRASMFSRFRSVSGSKRQQQSLWAPTIALTFNFLVSVSIILMNKLVLVNTGFNYPIFLTFIHYVCSWLIMAILKALSILSLSPPSKSTKYSTLLSLGIVMSLSTGLANVSLKYNSVGFYQMAKIAVTPAIVLAEFILFRKRISRQKVLALTIVSVGVAVATVTDLQFHFFGACIALAWIVPSAVNKILWSNLQQQDNWNALALMWKTTPITLFFLVMLMPSLDPPGVLSF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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