当前解析结果
SmilChr01G004590| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004590 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004590 |
| 描述 | nucleotide-sugar uncharacterized transporter 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 63907198 - 63910815 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131004498 |
|---|---|
| GeneID | 131004498 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131004498 |
| 原始查询 | LOC131004498 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nucleotide-sugar uncharacterized transporter 1 |
| 产物 | nucleotide-sugar uncharacterized transporter 1 |
| Arabidopsis | AT5G57100 (AT5G57100)Nucleotide/sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835814] identity=70; qcov=0.957; evalue=1.76e-146; confidence=high |
| Rice | Os02g0724500 (OsSTA72)- identity=68.5; qcov=0.93; evalue=1.2e-129; confidence=high |
| GO | GO:0005464 (UDP-xylose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03151 (TPT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131004498 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057787175.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057787183.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057787183.1 |
| 4 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057787175.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057787175.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:63907636 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,C38,C75 |
Chr1:63907639 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr1:63908425 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,C15,C21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787175.1PF03151
TPT 59-337 aa
XP_057787183.1PF03151
TPT 59-246 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787175.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 59 | 337 | 3.7e-17 | 63.4 | Triose-phosphate Transporter family |
XP_057787183.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 59 | 246 | 8e-14 | 52.4 | Triose-phosphate Transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。