当前解析结果
SmilChr01G004575| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004575 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004575 |
| 描述 | NADH--cytochrome b5 reductase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 63793365 - 63797673 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131004577 |
|---|---|
| GeneID | 131004577 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131004577 |
| 原始查询 | LOC131004577 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NADH--cytochrome b5 reductase 1-like |
| 产物 | NADH--cytochrome b5 reductase 1-like |
| Arabidopsis | AT5G17770 (CBR)NADH:cytochrome B5 reductase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831645] identity=81.7; qcov=1; evalue=7.89e-166; confidence=high |
| Rice | Os05g0488900- identity=84.3; qcov=0.895; evalue=1.88e-162; confidence=high |
| GO | GO:0004128 (cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H); GO:0022900 (electron transport chain) |
| KEGG | smil00541 (Biosynthesis of various nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00175 (NAD_binding_1); PF00970 (FAD_binding_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131004577 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057787266.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057787266.1 |
| 3 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.80000 | XP_057787266.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057787266.1 |
| 5 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057787266.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:63796134 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B140 |
Chr1:63796159 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B140,B82,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787266.1PF00970
FAD_binding_6 46-144 aa
PF00175
NAD_binding_1 154-260 aa
XP_057787273.1PF00970
FAD_binding_6 46-144 aa
PF00175
NAD_binding_1 154-260 aa
XP_057787277.1PF00970
FAD_binding_6 46-144 aa
PF00175
NAD_binding_1 154-260 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787266.1 |
Pfam | PF00970 |
FAD_binding_6 | Domain | 46 | 144 | 5.4e-35 | 120.5 | Oxidoreductase FAD-binding domain |
XP_057787266.1 |
Pfam | PF00175 |
NAD_binding_1 | Domain | 154 | 260 | 4.5e-31 | 108.5 | Oxidoreductase NAD-binding domain |
XP_057787273.1 |
Pfam | PF00970 |
FAD_binding_6 | Domain | 46 | 144 | 5.4e-35 | 120.5 | Oxidoreductase FAD-binding domain |
XP_057787273.1 |
Pfam | PF00175 |
NAD_binding_1 | Domain | 154 | 260 | 4.5e-31 | 108.5 | Oxidoreductase NAD-binding domain |
XP_057787277.1 |
Pfam | PF00970 |
FAD_binding_6 | Domain | 46 | 144 | 5.4e-35 | 120.5 | Oxidoreductase FAD-binding domain |
XP_057787277.1 |
Pfam | PF00175 |
NAD_binding_1 | Domain | 154 | 260 | 4.5e-31 | 108.5 | Oxidoreductase NAD-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。