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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004595

染色体: Chr01 坐标: 63932171-63934738 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004595
名称SmilChr01G004595
描述uncharacterized SmilChr01G004595
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63932171 - 63934738 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004707
GeneID131004707
locus_tag-
NCBI NameLOC131004707
原始查询LOC131004707

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816407]; symbol=AT2G18910; hit=AT2G18910; species=arabidopsis; confidence=medium
产物hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816407]; symbol=AT2G18910; hit=AT2G18910; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G18910 (AT2G18910)
hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816407]
identity=52.9; qcov=1.04; evalue=2.51e-39; confidence=medium
RiceOs02g0461900 (P0644G05.32-1)
-
identity=70.7; qcov=0.43; evalue=1.72e-25; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004707

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057787418.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057787418.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057787426.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.40000 XP_057787426.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787418.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63934253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B56,B96,C58
Chr1:63934332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:63934372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr1:63934403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr1:63934453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931443.1
AATTTAATTAAACACACCGCCACTGTAACAGCGCAGCACTTTATCTCACTCCACAGACCACAGTCCACTTCACTTAAACACACACACACACACACACAGTAAAGGAGAAAAAGCAGAGCAACCTTCTTCCAATCTACGCTAAGCTACTCTCGTTTCGCTTCCGCGCTTTGTCTGAAAAAAGGGGCAAAGAAAAAAGCAGCGGAAGAAAGAAATCAGCTCAATTTTGCTATCCTTCTCCCTTTTAACTAAAAATTATCGAA...
XM_057931451.1
ACACCGCCACTGTAACAGCGCAGCACTTTATCTCACTCCACAGACCACAGTCCACTTCACTTAAACACACACACACACACACACAGTAAAGGAGAAAAAGCAGAGCAACCTTCTTCCAATCTACGCTAAGCTACTCTCGTTTCGCTTCCGCGCTTTGTCTGAAAAAAGGGGCAAAGAAAAAAGCAGCGGAAGAAAGAAATCAGCTCAATTTTGCTATCCTTCTCCCTTTTAACTAAAAATTATCGAATTAAAAATGCCAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131004707
ATGCCAATCAAGAGCGAATCAGCTACTCCGCCGCCGAGGATCGGCAAGATCGGGCCGTACACGGTGTTCGTGACGCCTCCCGCCACGCCGAATGCGGGGCCCAAGCGGGAATCTCCAGCTCCGGTTCAGTACCAAGCGCCGACGCCGGTCCAGGCTACCTCGCCGCCGCCGGTGATGGCGCCGCCCGCCCAATTCTATAAAGAAAAGCCTTCTTCTTTTGCTTTCTTCTGGGACGCTGTAGCCAAGGTTCAAAATGCTCA...
LOC131004707
ATGCCAATCAAGAGCGAATCAGCTACTCCGCCGCCGAGGATCGGCAAGATCGGGCCGTACACGGTGTTCGTGACGCCTCCCGCCACGCCGAATGCGGGGCCCAAGCGGGAATCTCCAGCTCCGGTTCAGTACCAAGCGCCGACGCCGGTCCAGGCTACCTCGCCGCCGCCGGTGATGGCGCCGCCCGCCCAATTCTATAAAGAAAAGCCTTCTTCTTTTGCTTTCTTCTGGGACGCTGTAGCCAAGGTTCAAAATGCTCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057787418.1
MPIKSESATPPPRIGKIGPYTVFVTPPATPNAGPKRESPAPVQYQAPTPVQATSPPPVMAPPAQFYKEKPSSFAFFWDAVAKVQNAHASLDEHVAHWFGLNQSKYQWALDDYYESSGKVSFCVRVSWLLAYYYILFGCHNEICVLLLGVFPAARCL
XP_057787426.1
MPIKSESATPPPRIGKIGPYTVFVTPPATPNAGPKRESPAPVQYQAPTPVQATSPPPVMAPPAQFYKEKPSSFAFFWDAVAKVQNAHASLDEHVAHWFGLNQSKYQWALDDYYESSGKNQNEAKTLVKPSKQQNV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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