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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004630

染色体: Chr01 坐标: 64342412-64348927 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004630
名称SmilChr01G004630
描述bifunctional dethiobiotin synthetase/7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向64342412 - 64348927 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004901
GeneID131004901
locus_tag-
NCBI NameLOC131004901
原始查询LOC131004901

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bifunctional dethiobiotin synthetase/7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase, mitochondrial
产物bifunctional dethiobiotin synthetase/7%2C8-diamino-pelargonic acid aminotransferase%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G57590 (BIO1)
adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835863]
identity=63.6; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0245400 (BIO3-BIO1)
-
identity=58.5; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004015 (S-adenosyl-L-methionine:8-amino-7-oxononanoate transaminase activity); GO:0004141 (dethiobiotin synthase activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0009102 (biotin biosynthetic process); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding)
KEGGsmil00780 (Biotin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00202 (Aminotran_3); PF13500 (AAA_26)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004901

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057787653.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057787659.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057787653.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057787659.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787659.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:64342621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B127,B60,B79,C48
Chr1:64342713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B20,B86,B9,C44
Chr1:64342970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,C15,C21
Chr1:64346254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr1:64347087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr1:64347502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr1:64348261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr1:64348358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:64348401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B64,C5
Chr1:64348684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787653.1
872 aa
N
1
436
872
AAA_26
Aminotran_3
C
PF13500 AAA_26 180-295 aa PF00202 Aminotran_3 433-850 aa
XP_057787659.1
772 aa
N
1
386
772
AAA_26
Aminotran_3
C
PF13500 AAA_26 180-295 aa PF00202 Aminotran_3 433-751 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787653.1 Pfam PF13500 AAA_26 Domain 180 295 1.7e-13 51.6 AAA domain
XP_057787653.1 Pfam PF00202 Aminotran_3 Domain 433 850 4.1e-47 161.5 Aminotransferase class-III
XP_057787659.1 Pfam PF13500 AAA_26 Domain 180 295 1.2e-13 52.1 AAA domain
XP_057787659.1 Pfam PF00202 Aminotran_3 Domain 433 751 2.7e-39 135.7 Aminotransferase class-III

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931670.1
ATGAAGTAACTAATCCTCGCAATCTATAAGTCGTAACCGTTAAAACCCTTTCCCCCCCACCTTCACAGCTTGACTCACTCAACTGCCACGCGCACGCACTCAGCTATGGCACCCTACACAGTCCTCGTCGCCGTTTCACTCAGCCGCCGTTTATTCAGACAATCCCATTTTGGCCACCGCCACCGCCGCTGCCTTCATTCGGCGGTAGAGTATCCTCTCTCTCACCCGATTTACACAATTTGGGCTTCCAACACTTCCCT...
XM_057931676.1
ATCCTCGCAATCTATAAGTCGTAACCGTTAAAACCCTTTCCCCCCCACCTTCACAGCTTGACTCACTCAACTGCCACGCGCACGCACTCAGCTATGGCACCCTACACAGTCCTCGTCGCCGTTTCACTCAGCCGCCGTTTATTCAGACAATCCCATTTTGGCCACCGCCACCGCCGCTGCCTTCATTCGGCGGTAGAGTATCCTCTCTCTCACCCGATTTACACAATTTGGGCTTCCAACACTTCCCTCGGGAAAACCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131004901
ATGGCACCCTACACAGTCCTCGTCGCCGTTTCACTCAGCCGCCGTTTATTCAGACAATCCCATTTTGGCCACCGCCACCGCCGCTGCCTTCATTCGGCGGTAGAGTATCCTCTCTCTCACCCGATTTACACAATTTGGGCTTCCAACACTTCCCTCGGGAAAACCCTTGTCTCGGCCGGTCTCTCCATGTCATTCCTTTCCTCCTCTTCAGCACCATTTTCTAAGAGGAGATTTGTTTATCTCAAGCCTATTCAGACTGG...
LOC131004901
ATGGCACCCTACACAGTCCTCGTCGCCGTTTCACTCAGCCGCCGTTTATTCAGACAATCCCATTTTGGCCACCGCCACCGCCGCTGCCTTCATTCGGCGGTAGAGTATCCTCTCTCTCACCCGATTTACACAATTTGGGCTTCCAACACTTCCCTCGGGAAAACCCTTGTCTCGGCCGGTCTCTCCATGTCATTCCTTTCCTCCTCTTCAGCACCATTTTCTAAGAGGAGATTTGTTTATCTCAAGCCTATTCAGACTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057787653.1
MAPYTVLVAVSLSRRLFRQSHFGHRHRRCLHSAVEYPLSHPIYTIWASNTSLGKTLVSAGLSMSFLSSSSAPFSKRRFVYLKPIQTGFPDDSDSSFVYRKFCQFYVSKSLPFSVFASNSVLKASMPAANEVLGNGLLAEGGEFGCGLKNLHWYEERKLQGSESNGVEQFPVSEAVCKTLYAWKEAVSPHLAAEREEAMISDSEVLDLLRRCLDNDTVGNSGSTEEVQVMSVIETAGGVASPGPSGSLQCDLYRPFRLPGI...
XP_057787659.1
MAPYTVLVAVSLSRRLFRQSHFGHRHRRCLHSAVEYPLSHPIYTIWASNTSLGKTLVSAGLSMSFLSSSSAPFSKRRFVYLKPIQTGFPDDSDSSFVYRKFCQFYVSKSLPFSVFASNSVLKASMPAANEVLGNGLLAEGGEFGCGLKNLHWYEERKLQGSESNGVEQFPVSEAVCKTLYAWKEAVSPHLAAEREEAMISDSEVLDLLRRCLDNDTVGNSGSTEEVQVMSVIETAGGVASPGPSGSLQCDLYRPFRLPGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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