当前解析结果
SmilChr01G004635| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004635 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004635 |
| 描述 | transcription factor MYB36-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 64374377 - 64376174 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131004944 |
|---|---|
| GeneID | 131004944 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131004944 |
| 原始查询 | LOC131004944 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor MYB36-like |
| 产物 | transcription factor MYB36-like |
| Arabidopsis | AT5G57620 (MYB36)myb domain protein 36 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835866] identity=75.1; qcov=0.641; evalue=1.62e-99; confidence=high |
| Rice | Os08g0248700- identity=48.5; qcov=1.08; evalue=7.27e-88; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131004944 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057787702.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057787702.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057787702.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057787702.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057787702.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:64375420 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:64375437 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B15,C77,C79 |
Chr1:64375723 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,B84 |
Chr1:64375726 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,B81 |
Chr1:64375820 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787702.1PF00249
Myb_DNA-binding 14-62 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 17-76 aa
PF00249
Myb_DNA-binding 69-112 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 71-116 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787702.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 14 | 62 | 8.5e-32 | 109.7 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057787702.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 17 | 76 | 1e-19 | 71.1 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057787702.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 69 | 112 | 8.5e-32 | 109.7 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057787702.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 71 | 116 | 1e-19 | 71.1 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。