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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004653`

染色体: Chr01 坐标: 64640369-64645680 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004653`
名称	SmilChr01G004653
描述	tetrahydroberberine oxidase-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	64640369 - 64645680 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005003`
GeneID	`131005003`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005003`
原始查询	`LOC131005003`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tetrahydroberberine oxidase-like
产物	tetrahydroberberine oxidase-like
Arabidopsis	`AT5G44440` (AT5G44440) FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834471] identity=50.5; qcov=0.95; evalue=5.95e-177; confidence=high
Rice	`Os06g0548100` - identity=47.5; qcov=0.946; evalue=1.34e-150; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005003

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057787761.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057787761.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057787761.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787761.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787761.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:64644287`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B83,C17,C59
`Chr1:64644505`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B83,C17,C59
`Chr1:64645080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B13,B75,B81
`Chr1:64645348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr1:64645354`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr1:64645364`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr1:64645388`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:64645390`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr1:64645463`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B20,B58,B70,C18,C48,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787761.1

538 aa

269

538

FAD_binding_4

BBE

PF01565 FAD_binding_4 77-213 aa PF08031 BBE 468-526 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787761.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	77	213	6.4e-24	85.0	FAD binding domain
`XP_057787761.1`	Pfam	`PF08031`	BBE	Domain	468	526	1.7e-19	70.3	Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931778.1
GGGTCATTTAAGAGAGTAAAATACTTGGGCTGCACAAAGGAAAATTAACAAAACTTCAAATCATTCGAACTCATAATTAATTTTCAAATCCAAAGCTCAAACTCAAGGGACCAAATGTTCCCCTATAAAAAGATCACACTATAATCCAAACCCCTCAAACTCATCATCTCCGAATCATGAAGATTCAGAGGATTTCTTCTCTAGCTTTGGTTCTTGGCTTCATATTTTTGTGCTCATCTACTTGTGGTGAAGGGCACAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005003
ATGAAGATTCAGAGGATTTCTTCTCTAGCTTTGGTTCTTGGCTTCATATTTTTGTGCTCATCTACTTGTGGTGAAGGGCACAACCATTTTCTTGAATGTCTCTCACAAATATCCCACAACTATTCCTCCATTTCAAATATCGTCTACACCCCTCGCGATTCTTCTTACATTTCCATTCTGCAATTTTCCATAAAAAACCTACGATTCATGTCGGAATCCACCTCCAAACCACAAGTAATCATAACCCCTCAACTCGAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787761.1
MKIQRISSLALVLGFIFLCSSTCGEGHNHFLECLSQISHNYSSISNIVYTPRDSSYISILQFSIKNLRFMSESTSKPQVIITPQLESQIPPIIHCAKKTNLEIRTRSGGHDFEGLSYVAQVPFLVIDLINLGEITVDAVEKTAWVQAGATIGALYYKIAEKSPVLGFPAGSCLTLGVGGHFSGGGYGTLLRKHGLAADQVVDARIIDVRGRLLDRKSMGEDLFWAIRGGGGASFGVILAWKVRLVDVPEKLTVFRIQRSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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