当前解析结果
SmilChr01G004654| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004654 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004654 |
| 描述 | EG45-like domain containing protein |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 64648470 - 64649397 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005004 |
|---|---|
| GeneID | 131005004 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005004 |
| 原始查询 | LOC131005004 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | EG45-like domain containing protein |
| 产物 | EG45-like domain containing protein |
| Arabidopsis | AT4G30380 (AT4G30380)Barwin-related endoglucanase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829161] identity=42.3; qcov=0.953; evalue=7e-30; confidence=medium |
| Rice | Os09g0472900- identity=59.1; qcov=0.853; evalue=1.49e-43; confidence=medium |
| GO | GO:0005618 (cell wall); GO:0009627 (systemic acquired resistance); GO:0048046 (apoplast) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03330 (DPBB_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005004 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057787762.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057787762.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057787763.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057787763.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057787763.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:64648856 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C26 |
Chr1:64648912 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B74 |
Chr1:64648951 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B20,B40,B52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787762.1PF03330
DPBB_1 49-125 aa
XP_057787763.1PF03330
DPBB_1 49-125 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787762.1 |
Pfam | PF03330 |
DPBB_1 | Domain | 49 | 125 | 2.2e-18 | 67.0 | Lytic transglycolase |
XP_057787763.1 |
Pfam | PF03330 |
DPBB_1 | Domain | 49 | 125 | 2.2e-18 | 67.0 | Lytic transglycolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。