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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004668

染色体: Chr01 坐标: 64789175-64791712 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004668
名称SmilChr01G004668
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05600
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向64789175 - 64791712 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005018
GeneID131005018
locus_tag-
NCBI NameLOC131005018
原始查询LOC131005018

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05600
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05600
ArabidopsisAT1G05600 (EMB3101)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837065]
identity=55.5; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0913800
-
identity=42.6; qcov=0.68; evalue=8.31e-90; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005018

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057787784.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787784.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787784.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787784.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057787784.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:64789440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B95,C47
Chr1:64789531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:64789732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C85
Chr1:64789758 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 3 C2,C32,C68
Chr1:64789758 CT C 1bp_deletion CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr1:64789894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C59
Chr1:64789940 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C59
Chr1:64789940 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C59
Chr1:64789969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C17
Chr1:64790101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B69,B92
Chr1:64790141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:64790184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787784.1
497 aa
N
1
248
497
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 48-76 aa PF01535 PPR 86-111 aa PF01535 PPR 188-212 aa PF01535 PPR 227-255 aa PF13812 PPR_3 314-371 aa PF13041 PPR_2 364-411 aa PF01535 PPR 368-392 aa PF12854 PPR_1 395-426 aa PF01535 PPR 402-427 aa PF01535 PPR 437-463 aa
XP_057787785.1
497 aa
N
1
248
497
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 48-76 aa PF01535 PPR 86-111 aa PF01535 PPR 188-212 aa PF01535 PPR 227-255 aa PF13812 PPR_3 314-371 aa PF13041 PPR_2 364-411 aa PF01535 PPR 368-392 aa PF12854 PPR_1 395-426 aa PF01535 PPR 402-427 aa PF01535 PPR 437-463 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787784.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 48 76 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787784.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 86 111 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787784.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 188 212 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787784.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 227 255 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787784.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 314 371 2.2e-17 63.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057787784.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 364 411 5e-41 139.3 PPR repeat family
XP_057787784.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 368 392 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787784.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 395 426 7.3e-39 131.9 PPR repeat
XP_057787784.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 402 427 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787784.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 437 463 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787785.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 48 76 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787785.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 86 111 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787785.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 188 212 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787785.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 227 255 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787785.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 314 371 2.2e-17 63.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057787785.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 364 411 5e-41 139.3 PPR repeat family
XP_057787785.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 368 392 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787785.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 395 426 7.3e-39 131.9 PPR repeat
XP_057787785.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 402 427 7.6e-36 120.6 PPR repeat
XP_057787785.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 437 463 7.6e-36 120.6 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931802.1
GAACCGTTGAGGCCCAGTGACACTTTTAGATGTTAAGAAAAGCCCAAGTCCAGCCCCCCTCTCCAGCGACCTCCTCGCAACGCCTCCATCGCTGCCTTCTTTCTCTCTTTAATTGACCAATCTCAGCGGGATAAAATTCTCTTCTACCTCTTCACAAATCCGACCTCTCCCTCTAACTCCTTTCTATCTCCTGATCCTTATGTCGACAACAGCCCACAAGTAATTGCCGTTTCCGTCGCCTCCCTCGTCTCACAACAACA...
XM_057931801.1
GAACCGTTGAGGCCCAGTGACACTTTTAGATGTTAAGAAAAGCCCAAGTCCAGCCCCCCTCTCCAGCGACCTCCTCGCAACGCCTCCATCGCTGCCTTCTTTCTCTCTTTAATTGACCAATCTCAGCGGGATAAAATTCTCTTCTACCTCTTCACAAATCCGACCTCTCCCTCTAACTCCTTTCTATCTCCTGATCCTTATGTCGACAACAGCCCACAAGTAATTGCCGTTTCCGTCGCCTCCCTCGTCTCACAACAACA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005018
ATGAGTGTGAGATGGCCAAGGCTTTTGACACCCACTCATCTCTCACAGCTAATACGTAGCCAGAAAAACCCATTAAAGGCTATGGATATTTTCAATGAAGCAAAGACAAGATATCCAAGTTACCGCCACAATGGTCCCGTGTATGCTACCATGATCAGAATGCTGGGGAGCTCAGGGAGATTGACTGAAATGAAAGAAATTGTTAATCAGATGAAAAGGGACTCTTGTGAGTGCCAAGATTCACTTTTTGCCGGCATAAT...
LOC131005018
ATGAGTGTGAGATGGCCAAGGCTTTTGACACCCACTCATCTCTCACAGCTAATACGTAGCCAGAAAAACCCATTAAAGGCTATGGATATTTTCAATGAAGCAAAGACAAGATATCCAAGTTACCGCCACAATGGTCCCGTGTATGCTACCATGATCAGAATGCTGGGGAGCTCAGGGAGATTGACTGAAATGAAAGAAATTGTTAATCAGATGAAAAGGGACTCTTGTGAGTGCCAAGATTCACTTTTTGCCGGCATAAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057787784.1
MSVRWPRLLTPTHLSQLIRSQKNPLKAMDIFNEAKTRYPSYRHNGPVYATMIRMLGSSGRLTEMKEIVNQMKRDSCECQDSLFAGIIRTYADAGLFDEAFSLFNSLPEFNCVKYTESFNTLLEIMVKESKLEACYHFFVENCHGWEIKSRTRPLKLLMAALCQIHRSDLALHVFQEMGHQWCYRDRDTYRILMKGLCEDGRYTEATHLLYSMFWRISQKGCGSDVSIYRMLLESLCDNGQAGEAVEVLEKVLLKGLRAPK...
XP_057787785.1
MSVRWPRLLTPTHLSQLIRSQKNPLKAMDIFNEAKTRYPSYRHNGPVYATMIRMLGSSGRLTEMKEIVNQMKRDSCECQDSLFAGIIRTYADAGLFDEAFSLFNSLPEFNCVKYTESFNTLLEIMVKESKLEACYHFFVENCHGWEIKSRTRPLKLLMAALCQIHRSDLALHVFQEMGHQWCYRDRDTYRILMKGLCEDGRYTEATHLLYSMFWRISQKGCGSDVSIYRMLLESLCDNGQAGEAVEVLEKVLLKGLRAPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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