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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004671

染色体: Chr01 坐标: 64798801-64801849 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004671
名称SmilChr01G004671
描述protein FLX-like 4
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向64798801 - 64801849 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005021
GeneID131005021
locus_tag-
NCBI NameLOC131005021
原始查询LOC131005021

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FLX-like 4
产物protein FLX-like 4
ArabidopsisAT1G67170 (AT1G67170)
sarcolemmal membrane-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843037]
identity=30.3; qcov=0.876; evalue=3.48e-35; confidence=low
RiceOs04g0479100 (TGO)
-
identity=39.7; qcov=0.556; evalue=5.73e-41; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005021

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057787791.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057787791.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057787791.1
4 P-body P-body 0.20000 XP_057787791.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057787791.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:64799162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B98,D10
Chr1:64799163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:64799282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,D7
Chr1:64800288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,D2
Chr1:64800353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:64800378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931808.1
TTGTTGTAGTTTTCTTGAGAGTTTTTTTTTTATAGTTAAAACACCCATCATCATTCCTCTTGAACCCTAATTCCCCTTCTCCCTCGTCTGCATCTTCAATTCCAGAGTTTGGGGGACACAACAGCATATTCAAGAAAAGTCTTAGTTATGGATTCAAGAAGAAACATACCACCAGCATATGATGAGCACGCGAGGATGATGCGTCGTGATCCGTTACCTTCAATACACCATCACACAGAACCATTTCCTCCTGAACTACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005021
ATGGATTCAAGAAGAAACATACCACCAGCATATGATGAGCACGCGAGGATGATGCGTCGTGATCCGTTACCTTCAATACACCATCACACAGAACCATTTCCTCCTGAACTACTAGAGCGCAAATTGGCCTCCCAGACAGTAGAAATAGAACAACTTACTATGGACAATCGTAAGCTGGCTGCTAGTTACATGGCCTTGAGGCAAGACCTTGCTAATGCAAAAGGAGAAGCAGACAAAATAAGAGAACATATGAGAAGTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787791.1
MDSRRNIPPAYDEHARMMRRDPLPSIHHHTEPFPPELLERKLASQTVEIEQLTMDNRKLAASYMALRQDLANAKGEADKIREHMRSIQNEGDIQISILLDKIAKTDADTGVGDSIKKELQAAHAEAQSLMTAKLELSVKLKQATKELDITRETINKNTEMRSELDSLKQEYQRLRKTFEYEKCSSVEKVEEMKILEKDLIGIAEEVERLRAEVLSAEMRASGAVSYSSSYMKLDNTYPLPHHGNGGYTGSFGIAHPHIVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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