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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001251

染色体: Chr01 坐标: 25133243-25133875 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001251
名称SmilChr01G001251
描述protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25133243 - 25133875 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005027
GeneID131005027
locus_tag-
NCBI NameLOC131005027
原始查询LOC131005027

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4-like
产物protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4-like
ArabidopsisAT3G50930 (BCS1)
cytochrome BC1 synthesi [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824257]
identity=55.7; qcov=0.924; evalue=1.97e-73; confidence=high
RiceOs01g0605100
-
identity=53.6; qcov=0.8; evalue=2.12e-61; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG-
PfamPF00004 (AAA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005027

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057787802.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057787802.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057787802.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057787802.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787802.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25133253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B40,B72
Chr1:25133275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:25133318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:25133330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B90,B92
Chr1:25133349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,C25,C30
Chr1:25133393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr1:25133445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C16
Chr1:25133527 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr1:25133548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B18,B60,C11,C69
Chr1:25133556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:25133565 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B110,B40,C50
Chr1:25133565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B40,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787802.1
210 aa
N
1
105
210
AAA
C
PF00004 AAA 113-172 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787802.1 Pfam PF00004 AAA Domain 113 172 1.8e-09 38.9 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931819.1
ATGAACTCCACGCTAAGATCGGAGGTCAAATCCTTCGAGCTCACCTTTCACAAGACAAACAGAGAAATGGTGATCCATTCCTACCTTCCCCACATCGCAAGCCAAGCCAAGATGAGGAAACAAGAAAACAAAACCATCAAGGTCTTCACGGTGGATTATGAGAATATGTACAACATCAACGATATATGGAAGCCCGTGACGCCGGATCACCCTGCTACATTCGCCACTCTGGCCATGGATGTCCATCAGAAAGATGTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005027
ATGAACTCCACGCTAAGATCGGAGGTCAAATCCTTCGAGCTCACCTTTCACAAGACAAACAGAGAAATGGTGATCCATTCCTACCTTCCCCACATCGCAAGCCAAGCCAAGATGAGGAAACAAGAAAACAAAACCATCAAGGTCTTCACGGTGGATTATGAGAATATGTACAACATCAACGATATATGGAAGCCCGTGACGCCGGATCACCCTGCTACATTCGCCACTCTGGCCATGGATGTCCATCAGAAAGATGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787802.1
MNSTLRSEVKSFELTFHKTNREMVIHSYLPHIASQAKMRKQENKTIKVFTVDYENMYNINDIWKPVTPDHPATFATLAMDVHQKDVILKDVDRCLQRRKYYRKVGKAWKRGYMLYGPPGTGKSSFIAAMASYLNFDVYDLELMELRQNSDLRKLLLATANKSILVVKDIDCTIWTPACWSSTSRRQGSTPRRPAASWRHWGSSRRGGKWW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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