当前解析结果
SmilChr01G004683| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004683 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004683 |
| 描述 | gamma-glutamyl peptidase 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 64910365 - 64911638 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005034 |
|---|---|
| GeneID | 131005034 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005034 |
| 原始查询 | LOC131005034 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | gamma-glutamyl peptidase 5-like |
| 产物 | gamma-glutamyl peptidase 5-like |
| Arabidopsis | AT2G23970 (AT2G23970)Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816930] identity=48; qcov=0.98; evalue=1.48e-84; confidence=high |
| Rice | Os02g0179200- identity=56.6; qcov=0.984; evalue=2.33e-98; confidence=high |
| GO | GO:0005829 (cytosol) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00117 (GATase); PF07722 (Peptidase_C26) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005034 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057787809.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057787809.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057787809.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057787809.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057787809.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:64911228 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D1 |
Chr1:64911228 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787809.1PF00117
GATase 57-197 aa
PF07722
Peptidase_C26 87-194 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787809.1 |
Pfam | PF00117 |
GATase | Domain | 57 | 197 | 7.3e-17 | 62.4 | Glutamine amidotransferase class-I |
XP_057787809.1 |
Pfam | PF07722 |
Peptidase_C26 | Domain | 87 | 194 | 1.8e-05 | 25.3 | Peptidase C26 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。