当前解析结果
SmilChr01G004689| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004689 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004689 |
| 描述 | heptahelical transmembrane protein 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 64932383 - 64934344 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005037 |
|---|---|
| GeneID | 131005037 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005037 |
| 原始查询 | LOC131005037 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heptahelical transmembrane protein 2 |
| 产物 | heptahelical transmembrane protein 2 |
| Arabidopsis | AT4G30850 (HHP2)heptahelical transmembrane protein2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829209] identity=53.9; qcov=1.09; evalue=1.26e-121; confidence=high |
| Rice | Os06g0643700 (ADIPOR1)- identity=45; qcov=0.953; evalue=9.93e-74; confidence=high |
| GO | GO:0009725 (response to hormone); GO:0016020 (membrane); GO:0038023 (signaling receptor activity) |
| KEGG | smil04081 (Hormone signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03006 (HlyIII) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005037 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057787814.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057787815.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057787815.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057787814.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057787814.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:64932790 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B45,C72 |
Chr1:64932823 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:64932877 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,D7 |
Chr1:64933640 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B13 |
Chr1:64933640 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr1:64933674 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787814.1PF03006
HlyIII 69-325 aa
XP_057787815.1PF03006
HlyIII 69-302 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787814.1 |
Pfam | PF03006 |
HlyIII | Family | 69 | 325 | 7.7e-62 | 209.6 | Haemolysin-III related |
XP_057787815.1 |
Pfam | PF03006 |
HlyIII | Family | 69 | 302 | 1.2e-55 | 189.3 | Haemolysin-III related |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。