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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004701

染色体: Chr01 坐标: 65126816-65129837 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004701
名称SmilChr01G004701
描述chaperone protein dnaJ 8, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向65126816 - 65129837 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005050
GeneID131005050
locus_tag-
NCBI NameLOC131005050
原始查询LOC131005050

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chaperone protein dnaJ 8, chloroplastic
产物chaperone protein dnaJ 8%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G80920 (J8)
Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844432]
identity=63.3; qcov=0.708; evalue=6.11e-48; confidence=medium
RiceOs06g0650900 (OsDjC56)
-
identity=43.1; qcov=0.708; evalue=6.5e-21; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005050

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057787826.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057787826.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787826.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787826.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787826.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:65129550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787826.1
154 aa
N
1
77
154
DnaJ
C
PF00226 DnaJ 48-100 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787826.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 48 100 1.2e-15 58.1 DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931843.1
GATTAGTTTTATGTAAGATGCCATTCCACCACACACACACACACGTACGCGTATGTGTATGTGTATAGATATAAATAAATAAATCTGTTGATCATTTGTTTGCCTTCTTTCTCTGATTCCATAATTGCATTCACAAAGTGTCAGCTCATAACAAATACCATCGCATTTCTAAATTGTTTATACTATTCAATTATTAGAGGCTTATTATAAAAGGCCTACACCAACAATCCTCGATTCATACAATTCAGACAGCTGCCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005050
ATGGCTGCTGCTTTGGGATGCGCCTCTGCGTCTGGTTATTGGGCTCAATTTAGGGATAATGATATGTCAAGAAAAAATTTGGGGAATCATAATAATAGAAAGGAATTTAGGGTTTCGTGCATCTCTTCTGCTGCTGTGTTTGATTCTTACAAGACTTTGAGGATTCAACCAGGTGCATCTGAATCCGAGGTTAAGAAAGCCTTCAGACAGCTTGCTCTTCAGTATCATCCTGATGTCTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787826.1
MAAALGCASASGYWAQFRDNDMSRKNLGNHNNRKEFRVSCISSAAVFDSYKTLRIQPGASESEVKKAFRQLALQYHPDVCRGSNCGTQFHQINEAYDIVMSNLRGETGAEMYQDYDEDDAMRGINDQDWELWEEWMGWEGAGIRDYSSHINPYI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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