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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001267

染色体: Chr01 坐标: 25352681-25353779 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001267
名称SmilChr01G001267
描述uncharacterized SmilChr01G001267
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25352681 - 25353779 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005074
GeneID131005074
locus_tag-
NCBI NameLOC131005074
原始查询LOC131005074

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]; symbol=AT2G20830; hit=AT2G20830; species=arabidopsis; confidence=high
产物folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]; symbol=AT2G20830; hit=AT2G20830; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G20830 (AT2G20830)
folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]
identity=54.4; qcov=0.608; evalue=1.19e-54; confidence=high
RiceOs03g0582000 (OJ1785_A05.10)
-
identity=43.1; qcov=0.642; evalue=6.09e-46; confidence=medium
GOGO:0005542 (folic acid binding); GO:0016740 (transferase activity)
KEGG-
PfamPF07837 (FTCD_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005074

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057787864.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057787864.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057787864.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057787864.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787864.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25352688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr1:25352695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B2
Chr1:25352722 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 5 B11,B138,B2,C1,C73
Chr1:25352722 GA G 1bp_deletion CDS_variant 5 B11,B138,B2,C1,C73
Chr1:25352724 C CCG 2bp_insertion frameshift_variant 10 B129,B73,B84,B87,C12,C5,C59,C74,C81,C86
Chr1:25352780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C64
Chr1:25352813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr1:25352864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:25352903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr1:25352937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:25352941 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 56 A5,A7,A8,B10,B105,B106,B109,B127,B13,B130,B17,B19,B2,B24,B31,B35,B58,B67,B69,B72,B74,B79,B80,B81,B82,B85,B89,B91,B95,B99,C14,C17,C19,C20,C26,C28,C29,C36,C4,C41,C42,C46,C48,C51,C52,C57,C64,C66,C73,C75,C82,C83,C87,D2,D4,D6
Chr1:25353007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787864.1
260 aa
N
1
130
260
FTCD_N
C
PF07837 FTCD_N 63-139 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787864.1 Pfam PF07837 FTCD_N Domain 63 139 5.1e-09 36.8 Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931881.1
ATGGCTAGCAAGATTGTTAAGTGTGTGATGAAGTCTGTGATTAAGAGTAAGGGAAATCGTTTAGAAGTGAGATGCTCGATAGAGGATGACTACATAATTGTGTCACGAACAAAATGGAGCATCAAAATAGCATCTATTGAGATAGTAGGGAATTTGCTCACTGTTCAAAGAATTGGTAAAATTGGTATTGGTAGTGAAATTTGGCTCAAACCTGCAGTTGCTACCTTCTTGTACGGAGCTGCACACGGTGAGGGGAGGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005074
ATGGCTAGCAAGATTGTTAAGTGTGTGATGAAGTCTGTGATTAAGAGTAAGGGAAATCGTTTAGAAGTGAGATGCTCGATAGAGGATGACTACATAATTGTGTCACGAACAAAATGGAGCATCAAAATAGCATCTATTGAGATAGTAGGGAATTTGCTCACTGTTCAAAGAATTGGTAAAATTGGTATTGGTAGTGAAATTTGGCTCAAACCTGCAGTTGCTACCTTCTTGTACGGAGCTGCACACGGTGAGGGGAGGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787864.1
MASKIVKCVMKSVIKSKGNRLEVRCSIEDDYIIVSRTKWSIKIASIEIVGNLLTVQRIGKIGIGSEIWLKPAVATFLYGAAHGEGRSLDTIRRELGYFKRNVDGNQWVGSLQSETLQPKPDEGPPRAVPRKGVVVVGATQWVENYNVPIFLTDMAVVRRIAKRISGKDGGLPSVQSMALAHGKGMIEVDCNLLDTSKASGEDVQRAVECLAREEGMDVGEGYYTDLSQNQTKFICFFDVVYGDVEAGLELRGTREARGRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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