当前解析结果
SmilChr01G001269| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001269 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001269 |
| 描述 | uncharacterized mitochondrial protein AtMg00300-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 25365747 - 25366130 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005082 |
|---|---|
| GeneID | 131005082 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005082 |
| 原始查询 | LOC131005082 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=ATMG00300; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | hit=ATMG00300; species=arabidopsis; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00300- identity=33.3; qcov=0.803; evalue=6.71e-21; confidence=low |
| Rice | Os02g0671800- identity=37.2; qcov=1.02; evalue=2.39e-19; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13976 (gag_pre-integrs) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005082 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057787875.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057787875.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057787875.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057787875.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057787875.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:25365781 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:25365805 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B1,B12 |
Chr1:25365805 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B1,B12 |
Chr1:25365859 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 95 | A10,A11,A13,A18,A2,A22,A23,A24,A3,A4,A5,B1,B10,B100,B107,B111,B112,B118,B121,B124,B131,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B17,B19,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B30,B33,B35,B37,B4,B41,B44,B46,B54,B59,B63,B65,B66,B7,B72,B73,B77,B78,B91,B93,B98,C11,C15,C18,C2,C20,C23,C31,C32,C33,C36,C39,C43,C44,C46,C47,C48,C49,C55,C56,C57,C58,C60,C61,C65,C68,C69,C7,C73,C78,C8,C80,C85,D11,D4,D5,D6,D7,D9 |
Chr1:25365906 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 11 | B117,B18,B61,C19,C46,C62,C64,C66,C82,C83,D10 |
Chr1:25365912 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | B125,B56,B90,B92,B96,D6 |
Chr1:25366010 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B90,B92,D6 |
Chr1:25366029 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr1:25366042 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:25366051 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 51 | A18,A20,A21,A23,A25,A7,B104,B11,B129,B137,B25,B29,B34,B36,B37,B38,B39,B44,B47,B5,B50,B52,B54,B56,B57,B58,B59,B6,B62,B64,B67,B72,B75,B76,B82,B96,C18,C21,C30,C38,C5,C54,C57,C67,C73,C74,C75,C77,C81,C83,C87 |
Chr1:25366055 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 55 | A7,B1,B104,B105,B106,B109,B12,B127,B13,B130,B131,B135,B17,B2,B31,B35,B4,B58,B61,B67,B68,B69,B74,B79,B80,B81,B85,B89,B95,B99,C13,C14,C17,C19,C20,C26,C27,C28,C29,C3,C36,C39,C4,C41,C42,C5,C51,C52,C74,C75,C87,C9,D10,D2,D4 |
Chr1:25366068 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787875.1PF13976
gag_pre-integrs 14-78 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787875.1 |
Pfam | PF13976 |
gag_pre-integrs | Domain | 14 | 78 | 3e-17 | 62.9 | GAG-pre-integrase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。