Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004733

染色体: Chr01 坐标: 65511592-65513149 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004733
名称SmilChr01G004733
描述deSI-like protein At4g17486
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向65511592 - 65513149 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005086
GeneID131005086
locus_tag-
NCBI NameLOC131005086
原始查询LOC131005086

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述deSI-like protein At4g17486
产物deSI-like protein At4g17486
ArabidopsisAT1G80690 (AT1G80690)
PPPDE putative thiol peptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844408]
identity=64.9; qcov=0.917; evalue=7.32e-92; confidence=high
RiceOs03g0198500
-
identity=54.6; qcov=0.893; evalue=1.78e-71; confidence=high
GOGO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0101005 (deubiquitinase activity)
KEGG-
PfamPF05903 (Peptidase_C97)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005086

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057787877.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057787877.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787877.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787877.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787877.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787877.1
205 aa
N
1
102
205
Peptidase_C97
C
PF05903 Peptidase_C97 17-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787877.1 Pfam PF05903 Peptidase_C97 Domain 17 151 3e-51 173.9 PPPDE putative peptidase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931894.1
GAAATATTTTTAAAATTTAAAAAAGAGTGAATTGGATCACACCAGCTCACATTCCAACCAATCACCTCTCTCTTTTCCCCCCTATTTTCCTCAAACCCCCCAATAAATCTCTTCAAAATTCTGCAAATCCCACATTTGATTTTCGTATTTAACCTCTGATTAATCCCCCATTGTTGCCACTGCGCCGCCGCCGGATTATTCTCACATTTCAGTTCAAAATGCTGATTTCAGCATGAAAGCTTATTCACATTAATACAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005086
ATGTTATGCGGGAAAAGTCCGGTTAAAAGCGGAGGTGGATCGACGGCGGCGGTGTATCTGAACGTGTATGATCTCACCGCCATCAATGGCTACGCTTATTGGTTTGGCCTCGGCGTCTATCACTCCGGTGTAGAAGTTCATGGAGTTGAGTTTGCATTCGGAGCGCACGAGCATCCAACAACAGGAATTTTCGAAGGAGAGCCAAAGCAGTGCGAGGGATTCACATTTCGAAAGTCTATCTTGATCGGATGGACTGATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787877.1
MLCGKSPVKSGGGSTAAVYLNVYDLTAINGYAYWFGLGVYHSGVEVHGVEFAFGAHEHPTTGIFEGEPKQCEGFTFRKSILIGWTDMSAAQVKVLMEQLAEKYRGNAYNLITKNCNHFCNDACIKLTGNPIPNWINRLARIGFLCKCIIPVNLNSTKVGHNNKVQDNICEGVKKKLKSSSNSSSSSSSCSPPPMAATTGSSLLAT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器