当前解析结果
SmilChr01G001274| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001274 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001274 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G001274 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 25429575 - 25430228 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005100 |
|---|---|
| GeneID | 131005100 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005100 |
| 原始查询 | LOC131005100 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0439900- identity=35.3; qcov=0.691; evalue=1.59e-17; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005100 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057787896.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057787896.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057787896.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057787896.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057787896.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:25429616 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr1:25429626 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 54 | A11,A2,A22,A5,B1,B10,B107,B111,B112,B118,B131,B135,B137,B139,B19,B21,B32,B34,B35,B37,B41,B44,B46,B54,B63,B76,B77,B91,B93,C18,C2,C20,C27,C31,C32,C37,C38,C39,C43,C45,C48,C55,C56,C57,C60,C68,C73,C78,C8,C80,C85,D11,D4,D6 |
Chr1:25429636 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B18,C62,C66 |
Chr1:25429678 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr1:25429799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr1:25429806 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B12,D7 |
Chr1:25429842 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | B138,B78,C33,C35,C43,C44,C46,C83 |
Chr1:25429858 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr1:25429869 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:25429899 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B133,B24,C25,C43,C53 |
Chr1:25429921 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 31 | A25,B127,B130,B133,B16,B24,B27,B37,B39,B5,B53,B56,B79,B83,C13,C14,C15,C23,C25,C43,C50,C53,C58,C66,C71,C73,C76,C82,C85,D11,D6 |
Chr1:25429936 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 32 | A25,A4,B127,B130,B133,B16,B24,B27,B37,B39,B5,B53,B56,B79,C13,C14,C15,C17,C23,C43,C50,C53,C58,C66,C68,C71,C73,C76,C8,C82,C85,D11 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。