Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004757`

染色体: Chr01 坐标: 65772271-65776936 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004757`
名称	SmilChr01G004757
描述	protein JOKA2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	65772271 - 65776936 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005101`
GeneID	`131005101`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005101`
原始查询	`LOC131005101`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein JOKA2
产物	protein JOKA2
Arabidopsis	`AT4G24690` (NBR1) ubiquitin-associated (UBA)/TS-N domain-containing protein / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828571] identity=44.4; qcov=0.596; evalue=2.82e-126; confidence=medium
Rice	`Os02g0593700` - identity=48.4; qcov=0.54; evalue=8.1e-122; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00564 (PB1); PF00569 (ZZ); PF16158 (N_BRCA1_IG); PF24932 (UBA_NBR1_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005101

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057787894.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057787894.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057787894.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787894.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787894.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:65772701`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr1:65774018`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B31
`Chr1:65774018`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B31
`Chr1:65774137`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,C47
`Chr1:65774308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr1:65774338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B23,C61,C78
`Chr1:65774462`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,B87,C36,C59
`Chr1:65774684`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B23,C61
`Chr1:65774685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr1:65775808`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr1:65775996`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:65776254`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787894.1

830 aa

415

830

PB1

N_BRCA1_IG

UBA_NBR1_C

PF00564 PB1 6-87 aa PF00569 ZZ 394-429 aa PF16158 N_BRCA1_IG 486-587 aa PF24932 UBA_NBR1_C 745-784 aa PF24932 UBA_NBR1_C 787-825 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787894.1`	Pfam	`PF00564`	PB1	Domain	6	87	2.8e-08	34.3	PB1 domain
`XP_057787894.1`	Pfam	`PF00569`	ZZ	Domain	394	429	1.1e-07	32.2	Zinc finger, ZZ type
`XP_057787894.1`	Pfam	`PF16158`	N_BRCA1_IG	Domain	486	587	4.6e-34	117.9	Ig-like domain from next to BRCA1 gene
`XP_057787894.1`	Pfam	`PF24932`	UBA_NBR1_C	Domain	745	784	5.4e-39	132.5	Next to BRCA1 gene 1 protein-like, C-terminal UBA domain
`XP_057787894.1`	Pfam	`PF24932`	UBA_NBR1_C	Domain	787	825	5.4e-39	132.5	Next to BRCA1 gene 1 protein-like, C-terminal UBA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931911.1
GATAAACTCGATGACTTTAGTGGTTTCCTTTGGAAGCAAGAAATGAGAAAATAATCGAAACATTAAACCGATATTGCAAAAATTAAGATCACACTCTTCATCTAGTCACCTTCCTTCTATATATACATACACACAAAATCCGTTGCGTTTCAGTCTCTCTCTCTCACCCTTTTCCTCACTCATTGAGATCATCGATATTTTGACGCGGCTCACGGATACGCGTGGTTTGCCGTGAAAATCCGTCTCTGATTTCGATCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005101
ATGGAGGCTCCGTCTACTGTGGTGATCAAGGTCAAGTATGGGGATATGCTTAGGCGTTTCAATGCCCCTATTGTTGATGAAAAACTTTCCATGAACATGGATGGGCTGAGAGAGAAGATCCTTTCGCTCTTCAGCTTTGCTCTTGATACTGATCTGATGCTTACTTATGTTGACGAAGATGGGGATGTGGTTAATCTTGTTGATGATGATGATCTTCGTGATGTCGTAAAACAGGGTCTGAACCCCGTGAGAGTAACAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787894.1
MEAPSTVVIKVKYGDMLRRFNAPIVDEKLSMNMDGLREKILSLFSFALDTDLMLTYVDEDGDVVNLVDDDDLRDVVKQGLNPVRVTVKVNNDKNGKQTYSSVSSTPSRSPPVQPLPNLSAGVSELLRHVPEPMREALAKLSEELASKASSSSPGISNFADNLSKVSLSYLGQLSDSAVMSNVQNGAPETSSATDNKDSEPPKVAAEKPKPDARMESNEVKIQNATGPRKDGPTFDFNAVAAALESENASGSKPESGGVPH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器