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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004777

染色体: Chr01 坐标: 65947874-65952344 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004777
名称SmilChr01G004777
描述callose synthase 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向65947874 - 65952344 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005116
GeneID131005116
locus_tag-
NCBI NameLOC131005116
原始查询LOC131005116

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述callose synthase 3-like
产物callose synthase 3-like
ArabidopsisAT5G13000 (GSL12)
glucan synthase-like 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831140]
identity=76.1; qcov=0.811; evalue=6.47e-88; confidence=high
RiceOs02g0832400 (OsGSL7)
-
identity=73.9; qcov=0.811; evalue=2.04e-86; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0046527 (glucosyltransferase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005116

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057787914.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057787914.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787914.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787914.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787914.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:65948020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr1:65949803 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B29,B35,B73,B97
Chr1:65949803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B35,B73,B97
Chr1:65949842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931931.1
TACATAACGGTTTGATAAACCGTTACGTCAACCGTTATCTATTAACACTTTTTTACAACAGTTTTTTTACCGTTAAGAAATGCGTTATATAACTGTTATGTATTAACATTATTTTTTTTCATAAATATATATTTTTATTAGGTAAAATTCAAAACCTAACTCAAAATCTAATTTTCAAGCTTCTGCTCCAATACTCCTAACACACCCGCCGCCTCCCCCCGGTGACGCCGCGCCGGACGACGCTGCACGAGCAACCGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005116
ATGGGATGCAATCTTTTCGAAGATGGTGTTTTCAATAAAGTACTGAGCATCTTTATAACTGCTGCAATATTGAAACTTGGACAAGCGATCCTTGATGTAATTCTGAGTTGGAAAGCTAGGCAGAGCATGTCCTTCCATGTCAAGTTAAGATACATTCTAAAGGTTGTGTCGGCTGCTGCTTGGGTGGTCATCCTGCCTGTTACCTACGCTTATACATGGAAGAATGCTCCTGGGTTTGCTCAAACTATCAAAAGTTGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787914.1
MGCNLFEDGVFNKVLSIFITAAILKLGQAILDVILSWKARQSMSFHVKLRYILKVVSAAAWVVILPVTYAYTWKNAPGFAQTIKSWLGNSSRAPSLFILAVVIYLSPNFLAAFLFLFPFVRRFLERSNYKIVMLMMWWSQPRLYVGRGMHESTFSLFKYTLFWVLLTITKLAFSFYIEGCYFQKGRKIKMKMSAKEAFERSMRTLSEWISQEVNRNM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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