当前解析结果
SmilChr01G004826| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004826 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004826 |
| 描述 | costars family protein |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 66425339 - 66427162 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005163 |
|---|---|
| GeneID | 131005163 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005163 |
| 原始查询 | LOC131005163 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | costars family protein |
| 产物 | costars family protein |
| Arabidopsis | AT4G33640 (AT4G33640)costars family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829505] identity=77.2; qcov=0.577; evalue=2.38e-41; confidence=medium |
| Rice | Os03g0690000- identity=74.7; qcov=0.635; evalue=1.64e-43; confidence=medium |
| GO | GO:0032970 (regulation of actin filament-based process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14705 (Costars) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005163 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057787964.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057787964.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057787964.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057787964.1 |
| 5 | Nuclear body | 核内小体 | 0.20000 | XP_057787964.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:66426942 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr1:66426966 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 25 | A23,B100,B102,B22,B26,B3,B32,B54,B56,B58,B64,B68,B75,B83,B99,C31,C41,C42,C47,C53,C64,C66,C71,C9,D8 |
Chr1:66426969 |
A |
AAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 25 | A23,B100,B102,B22,B26,B3,B32,B54,B56,B58,B64,B68,B75,B83,B99,C31,C41,C42,C47,C53,C64,C66,C71,C9,D8 |
Chr1:66427005 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B47,C16,C65 |
Chr1:66427005 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B47,C16,C65 |
Chr1:66427037 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,C50,D1 |
Chr1:66427045 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787964.1PF14705
Costars 49-123 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787964.1 |
Pfam | PF14705 |
Costars | Domain | 49 | 123 | 6.4e-30 | 103.8 | Costars |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。