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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001296

染色体: Chr01 坐标: 25825694-25826320 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001296
名称SmilChr01G001296
描述uncharacterized SmilChr01G001296
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25825694 - 25826320 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005166
GeneID131005166
locus_tag-
NCBI NameLOC131005166
原始查询LOC131005166

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=29.5; qcov=0.798; evalue=4.86e-22; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005166

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057787970.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057787970.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057787970.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057787970.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787970.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25825701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,B98
Chr1:25825713 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 14 A2,B103,B111,B59,B6,B63,B66,B70,B78,C4,C52,C64,C66,D3
Chr1:25825714 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B50,C52,C8,C81,D4
Chr1:25825714 TC T 1bp_deletion CDS_variant 5 B50,C52,C8,C81,D4
Chr1:25825715 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 49 A21,A24,A3,A4,A9,B10,B105,B107,B121,B122,B13,B16,B3,B34,B40,B41,B46,B47,B5,B52,B54,B62,B64,B65,B68,B75,B8,B84,B86,B94,B97,C10,C11,C16,C2,C21,C30,C35,C38,C39,C45,C61,C65,C67,C79,C82,C83,C87,D9
Chr1:25825723 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 9 A21,B110,B13,B34,B52,B75,B79,C13,C83
Chr1:25825725 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B109,B98,C82
Chr1:25825757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B109,B3,C4,C82
Chr1:25825777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B69,B9
Chr1:25825792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr1:25825802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C30
Chr1:25825815 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B16,B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931987.1
ATGGATCTTTATCTCAAGGAAGTCAAGGAATTCGAATTCGCTTTGAGGGGGCGCTTGCTGCTTCGGAAAGGTGATAAGCCTCGATCAACTATGGAACTTAAACTGGAGCTTCAGGACTTATGGAGGTTAACCTCTCATTGGCAACTCATTCCGTTGGGAAAAGGTTATTTTACGCTCCGATTTACTTCGGCAGCGGACTTTACGATAGCAAAGGCGAAAATGGTTTGGGAGCTCTCCAAGGGGCATCTCCGACTCCGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005166
ATGGATCTTTATCTCAAGGAAGTCAAGGAATTCGAATTCGCTTTGAGGGGGCGCTTGCTGCTTCGGAAAGGTGATAAGCCTCGATCAACTATGGAACTTAAACTGGAGCTTCAGGACTTATGGAGGTTAACCTCTCATTGGCAACTCATTCCGTTGGGAAAAGGTTATTTTACGCTCCGATTTACTTCGGCAGCGGACTTTACGATAGCAAAGGCGAAAATGGTTTGGGAGCTCTCCAAGGGGCATCTCCGACTCCGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787970.1
MDLYLKEVKEFEFALRGRLLLRKGDKPRSTMELKLELQDLWRLTSHWQLIPLGKGYFTLRFTSAADFTIAKAKMVWELSKGHLRLRKWTRNFDPFKENYPLANVWVRIHYLPIEYWNPQVISGIGRFLGHPLKIDRATVGREFGQFARILVEMDMSHNPPSSLLIDRGDISFYVEFVFENLPLYCDSCKITGHAQDTCRKKKTCRDGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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