Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004832`

染色体: Chr01 坐标: 66455903-66457952 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004832`
名称	SmilChr01G004832
描述	uncharacterized protein C6C3.02c-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66455903 - 66457952 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005169`
GeneID	`131005169`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005169`
原始查询	`LOC131005169`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Cox19-like CHCH family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830816]; symbol=AT5G09570; hit=AT5G09570; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Cox19-like CHCH family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830816]; symbol=AT5G09570; hit=AT5G09570; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G09570` (AT5G09570) Cox19-like CHCH family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830816] identity=62.2; qcov=1.01; evalue=6.71e-59; confidence=high
Rice	`Os03g0685500` - identity=68.4; qcov=0.958; evalue=2.79e-48; confidence=medium
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0007005 (mitochondrion organization)
KEGG	-
Pfam	PF06747 (CHCH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057787969.1`
2	Mitochondrion intermembrane space	Mitochondrion intermembrane space	0.80000	`XP_057787969.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057787969.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057787969.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787969.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66456975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B83,C59
`Chr1:66457212`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B41,C11,C37,C40,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787969.1

142 aa

142

CHCH

PF06747 CHCH 103-137 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057787969.1`	Pfam	`PF06747`	CHCH	Domain	103	137	5.1e-10	39.9	CHCH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057931986.1
ACTTTTTTGAGGAAAGGAGGGAGTATTCCTCACCGTGGCTCTCCGCGTCTCACAGTTTGACACGTATGAGGTCTACACAGAGGATCTCTCTCCAGAAAACGCCCCCAATTTAGCTTAAATAGGGTTTTTAGTGGAGCTTCAATTCCAAAACACCACCTCCTAATTTCCGCCGCTCCTATCCCGATTCCCAGAAAACAGAAGGCAAAATGGCTCGCCGTAGTTCCGGTGGAAGATCTTCTCGCCCAGCCCCGCGTCCAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005169
ATGGCTCGCCGTAGTTCCGGTGGAAGATCTTCTCGCCCAGCCCCGCGTCCAGCTGCTCGTAGCCCACCTCCTCAAAAAGTGAATAGTGCTCCTCCTCCAGCTCCAGTCCAAGGTGGTTCCGGTGGATCCATGCTTGGAAGCATTGGTTCAACCATAGCTCAAGGGATGGCATTTGGTACTGGAAGTGCAATGGCACATAGGGCTGTTGATGCGGTTATGGGTCCACGGACGATTCAGCATGAAACAGTTGCATCTGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787969.1
MARRSSGGRSSRPAPRPAARSPPPQKVNSAPPPAPVQGGSGGSMLGSIGSTIAQGMAFGTGSAMAHRAVDAVMGPRTIQHETVASEAAAAPAPSASMGGSEACGVHSKAFQDCLNSYGSDITKCQFYMDMLAECRRNSGSMI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器