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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004834

染色体: Chr01 坐标: 66466249-66472197 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004834
名称SmilChr01G004834
描述gamma-glutamyl peptidase 5-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66466249 - 66472197 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005171
GeneID131005171
locus_tag-
NCBI NameLOC131005171
原始查询LOC131005171

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gamma-glutamyl peptidase 5-like
产物gamma-glutamyl peptidase 5-like
ArabidopsisAT2G23970 (AT2G23970)
Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816930]
identity=52.7; qcov=0.853; evalue=1.17e-89; confidence=high
RiceOs03g0685300
-
identity=51.3; qcov=0.828; evalue=3.41e-89; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol)
KEGG-
PfamPF00117 (GATase); PF07722 (Peptidase_C26)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005171

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057787973.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057787973.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057787973.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787973.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787973.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66466490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,C38,C75
Chr1:66466726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B16
Chr1:66466940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:66466983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B59,D3
Chr1:66471784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr1:66472066 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 23 A16,B1,B101,B111,B123,B14,B140,B15,B22,B63,B77,B82,B85,B89,C18,C28,C35,C48,C65,C67,C76,C77,C85
Chr1:66472125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B7
Chr1:66472164 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 129 A1,A11,A13,A18,A22,A25,A4,A5,A6,A7,B100,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B11,B118,B12,B120,B121,B125,B126,B128,B13,B134,B137,B139,B14,B15,B16,B17,B2,B22,B25,B27,B3,B30,B31,B34,B35,B37,B38,B39,B41,B44,B48,B49,B5,B50,B51,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B61,B62,B66,B67,B69,B70,B71,B73,B75,B77,B79,B81,B83,B84,B85,B88,B89,B9,B90,B92,B96,B97,B98,C10,C11,C12,C14,C19,C20,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C31,C34,C39,C4,C41,C42,C43,C46,C50,C52,C54,C55,C56,C59,C60,C62,C64,C66,C69,C71,C72,C73,C74,C76,C79,C81,C82,C83,C84,C86,C87,D1,D10,D4,D5,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787973.1
285 aa
N
1
142
285
GATase
Peptidase_C26
C
PF00117 GATase 71-234 aa PF07722 Peptidase_C26 126-232 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787973.1 Pfam PF00117 GATase Domain 71 234 4.5e-16 59.8 Glutamine amidotransferase class-I
XP_057787973.1 Pfam PF07722 Peptidase_C26 Domain 126 232 4e-07 30.8 Peptidase C26

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931990.1
AAATGAGTTTGGACATCAAACCCATTTGCATATTCCCCAAACCTTCGTCGTCCTCGTCCTTCTCCTCCCCGTCCCACTCCCTTTCTCTCTCTACAAACACACGCATATTATCAAATTTACAGAGAGAGAGAATGGGAGGCCAGAAATTCGCCGTCCTCCTCTGCGCCGAAGACTCCGACTACGTCAAGAAAATCTACGGCGGGTACTACGGCGTGTTCGTGAGAATGCTCAAGGAGGAAGGCGAGAGCTGGGACGTTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005171
ATGAGTTTGGACATCAAACCCATTTGCATATTCCCCAAACCTTCGTCGTCCTCGTCCTTCTCCTCCCCGTCCCACTCCCTTTCTCTCTCTACAAACACACGCATATTATCAAATTTACAGAGAGAGAGAATGGGAGGCCAGAAATTCGCCGTCCTCCTCTGCGCCGAAGACTCCGACTACGTCAAGAAAATCTACGGCGGGTACTACGGCGTGTTCGTGAGAATGCTCAAGGAGGAAGGCGAGAGCTGGGACGTTTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787973.1
MSLDIKPICIFPKPSSSSSFSSPSHSLSLSTNTRILSNLQRERMGGQKFAVLLCAEDSDYVKKIYGGYYGVFVRMLKEEGESWDVFRVARGDFPADDQIGDYDGFVITGSCNDAHGNDLWICKLLILLNKLDAMKKKVLGICFGHQILGRALGGKIGRARGGWDIGITQVQLYPSKIFTSLNMPTSLSIIECHRDEVWALPPEAEVLAWSERTGVEMFRCGDHIMGIQGHPEYTKDILLHLIDRLSSRQLIEESLAEEGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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