当前解析结果
SmilChr01G004834| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004834 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004834 |
| 描述 | gamma-glutamyl peptidase 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 66466249 - 66472197 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005171 |
|---|---|
| GeneID | 131005171 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005171 |
| 原始查询 | LOC131005171 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | gamma-glutamyl peptidase 5-like |
| 产物 | gamma-glutamyl peptidase 5-like |
| Arabidopsis | AT2G23970 (AT2G23970)Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816930] identity=52.7; qcov=0.853; evalue=1.17e-89; confidence=high |
| Rice | Os03g0685300- identity=51.3; qcov=0.828; evalue=3.41e-89; confidence=high |
| GO | GO:0005829 (cytosol) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00117 (GATase); PF07722 (Peptidase_C26) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005171 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057787973.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057787973.1 |
| 3 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057787973.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057787973.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057787973.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:66466490 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,C38,C75 |
Chr1:66466726 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,B16 |
Chr1:66466940 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr1:66466983 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B132,B59,D3 |
Chr1:66471784 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr1:66472066 |
T |
TTC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 23 | A16,B1,B101,B111,B123,B14,B140,B15,B22,B63,B77,B82,B85,B89,C18,C28,C35,C48,C65,C67,C76,C77,C85 |
Chr1:66472125 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B7 |
Chr1:66472164 |
A |
AAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 129 | A1,A11,A13,A18,A22,A25,A4,A5,A6,A7,B100,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B11,B118,B12,B120,B121,B125,B126,B128,B13,B134,B137,B139,B14,B15,B16,B17,B2,B22,B25,B27,B3,B30,B31,B34,B35,B37,B38,B39,B41,B44,B48,B49,B5,B50,B51,B53,B54,B55,B56,B58,B59,B61,B62,B66,B67,B69,B70,B71,B73,B75,B77,B79,B81,B83,B84,B85,B88,B89,B9,B90,B92,B96,B97,B98,C10,C11,C12,C14,C19,C20,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C31,C34,C39,C4,C41,C42,C43,C46,C50,C52,C54,C55,C56,C59,C60,C62,C64,C66,C69,C71,C72,C73,C74,C76,C79,C81,C82,C83,C84,C86,C87,D1,D10,D4,D5,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787973.1PF00117
GATase 71-234 aa
PF07722
Peptidase_C26 126-232 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787973.1 |
Pfam | PF00117 |
GATase | Domain | 71 | 234 | 4.5e-16 | 59.8 | Glutamine amidotransferase class-I |
XP_057787973.1 |
Pfam | PF07722 |
Peptidase_C26 | Domain | 126 | 232 | 4e-07 | 30.8 | Peptidase C26 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。