Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004844`

染色体: Chr01 坐标: 66584641-66588933 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004844`
名称	SmilChr01G004844
描述	uncharacterized SmilChr01G004844
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66584641 - 66588933 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005182`
GeneID	`131005182`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005182`
原始查询	`LOC131005182`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	heat shock protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830817]; symbol=AT5G09580; hit=AT5G09580; species=arabidopsis; confidence=high
产物	heat shock protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830817]; symbol=AT5G09580; hit=AT5G09580; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G09580` (AT5G09580) heat shock protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830817] identity=61.3; qcov=0.93; evalue=2.47e-148; confidence=high
Rice	`Os11g0167200` - identity=54.4; qcov=0.93; evalue=3.71e-113; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005182

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057787999.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057787999.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057787999.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057787999.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057787999.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66585094`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr1:66585477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B11,D8
`Chr1:66585703`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr1:66586444`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B11,D8
`Chr1:66586444`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B11,D8
`Chr1:66586542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B89,C34
`Chr1:66586917`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932016.1
TTTTTTTTAAGGGAAAGCAAATTAACAGTAATTGTTACTTTTATTAATTGCCGGCAAAGTTATTATGTAGTATGCGTATGAATCGGAGAACTGAGCCTGAGCTCTCCTCCATTTTTCAATCGGAGAACTAAATTACAGATGCGGCGCCACTGTACAACCACGCCGACGGCAGACTAATTGCCGGCGGCCATATCAAATGGCTCCCTCCGCTGCCTTCAGACGGCGGCTGGCCGCCTTTCCTTTCGTTTTCCAATTTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005182
ATGGCTCCCTCCGCTGCCTTCAGACGGCGGCTGGCCGCCTTTCCTTTCGTTTTCCAATTTCCTCCGCTGGTCCGTCGATTGCGCTCAGACGCCACTTTAGAAGCAATACGAAAAGCGTCGGAGAGCGCAATTCCCAACTTGGTGTTGTACAATTATCCCTCGTTCTCCGGCGCATTTGGAGCGCTTTTCGCGCACCTCTACCACTCTCGACTCAACCTCCCTTGCCTCATTTTGCCTTTCTCATCCGTCGCGCCCTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057787999.1
MAPSAAFRRRLAAFPFVFQFPPLVRRLRSDATLEAIRKASESAIPNLVLYNYPSFSGAFGALFAHLYHSRLNLPCLILPFSSVAPFSVDDLCIEGMKTCYFLDFLGPKGFPLVLSRRTSSMVIGFDHRKSVLSRISSGEDSDPNISFHVNIEKSSSTAVYEYFSAKLSETRSDQIDSISLLNRNDQERMEIILKYIEAGDLQRWNLPNIKAFNIGLREWRSKLNCITNPLMYQQLMEICSTDLIIKGDTYLSNRLTEASK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器