当前解析结果
SmilChr01G004860| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004860 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004860 |
| 描述 | K(+) efflux antiporter 3, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 66750784 - 66757976 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005199 |
|---|---|
| GeneID | 131005199 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005199 |
| 原始查询 | LOC131005199 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | K(+) efflux antiporter 3, chloroplastic |
| 产物 | K(+) efflux antiporter 3%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT4G04850 (KEA3)K+ efflux antiporter 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825822] identity=72.7; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0617800- identity=73.9; qcov=0.874; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006813 (potassium ion transport); GO:0009507 (chloroplast); GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:1902600 (proton transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00999 (Na_H_Exchanger); PF02254 (TrkA_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005199 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057788017.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057788017.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057788017.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788017.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788017.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:66751007 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr1:66751653 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,B78,B84 |
Chr1:66751690 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B36,B74 |
Chr1:66751713 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,A9,C45 |
Chr1:66754389 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B41,C11,C40,C69 |
Chr1:66755302 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr1:66755691 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B33,C22,C29 |
Chr1:66756596 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr1:66756635 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr1:66757155 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,B78,B84 |
Chr1:66757188 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788017.1PF00999
Na_H_Exchanger 131-512 aa
PF02254
TrkA_N 544-666 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788017.1 |
Pfam | PF00999 |
Na_H_Exchanger | Domain | 131 | 512 | 2.6e-64 | 218.2 | Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane |
XP_057788017.1 |
Pfam | PF02254 |
TrkA_N | Domain | 544 | 666 | 5e-16 | 59.8 | TrkA-N domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。