Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004864`

染色体: Chr01 坐标: 66774740-66777427 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004864`
名称	SmilChr01G004864
描述	soluble inorganic pyrophosphatase 6, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66774740 - 66777427 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005202`
GeneID	`131005202`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005202`
原始查询	`LOC131005202`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	soluble inorganic pyrophosphatase 6, chloroplastic
产物	soluble inorganic pyrophosphatase 6%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G09650` (PPa6) pyrophosphorylase 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830824] identity=82.3; qcov=0.887; evalue=9.09e-163; confidence=high
Rice	`Os02g0768600` (OJ1767_D02.15-2) - identity=82; qcov=0.853; evalue=2.01e-154; confidence=high
GO	GO:0000287 (magnesium ion binding); GO:0004427 (inorganic diphosphate phosphatase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006796 (phosphate-containing compound metabolic process)
KEGG	smil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00719 (Pyrophosphatase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005202

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788020.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057788020.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788020.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788020.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788020.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66775026`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:66775231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:66777204`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C50
`Chr1:66777227`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788020.1

293 aa

146

293

Pyrophosphatase

PF00719 Pyrophosphatase 100-277 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788020.1`	Pfam	`PF00719`	Pyrophosphatase	Domain	100	277	3.2e-41	141.4	Inorganic pyrophosphatase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932037.1
AGAATGAAGCTCGAAAACATAGCAGCCAACCAGAGGTCAGCATTTGTGGTAAAATAGTCGAAACACAGTAACCACATAGCTTTCTCTCACTACACCCACTAGGCCACTACCACAAAGAAATGGCGGCCACGAGAGTCATAGCGTCGGCTGGCAACGCCGTCTCCGGAGTTTTGCTATGCAGAGGCCAATTGAGGGCTACGCCTCAAAGCCTCAATCTCTGCTTCAAAAACGGCAGATTGCTGACGCAGAAAAGGCGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005202
ATGGCGGCCACGAGAGTCATAGCGTCGGCTGGCAACGCCGTCTCCGGAGTTTTGCTATGCAGAGGCCAATTGAGGGCTACGCCTCAAAGCCTCAATCTCTGCTTCAAAAACGGCAGATTGCTGACGCAGAAAAGGCGCCTCTTCACGTGCAATGCCATACACAACCCCCTAGTTCAAGTCAAGGAAGAGGGCCAGCCCGAAACCTTCGATTACCGCGTCTTCTTCGTCGACAATTCCGGCAAAAAGATTTCCCCCTGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788020.1
MAATRVIASAGNAVSGVLLCRGQLRATPQSLNLCFKNGRLLTQKRRLFTCNAIHNPLVQVKEEGQPETFDYRVFFVDNSGKKISPWHDIPLQLGDGVFNFIVEIPKESSAKMEVATDEVYTPIKQDTKKGKLRYYPYNINWNYGLLPQTWEDPSLANTDVEGAFGDNDPVDVVEIGESQGKIGQVLKVKPLAALAMIDEGELDWKIVAISLDDPRASLVNDVDDVEKHFPGTLTAIRDWFRDYKIPDGKPANRFGLGNKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器