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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004871

染色体: Chr01 坐标: 66828607-66831026 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004871
名称SmilChr01G004871
描述uncharacterized SmilChr01G004871
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66828607 - 66831026 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005209
GeneID131005209
locus_tag-
NCBI NameLOC131005209
原始查询LOC131005209

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005209

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057788030.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057788029.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057788029.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057788029.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057788030.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66829708 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 21 B22,B26,B30,B32,B49,B54,B58,B68,B74,B75,B83,B89,C19,C41,C42,C5,C51,C64,C66,C9,D9
Chr1:66829719 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 30 A10,A23,A24,B1,B101,B110,B123,B126,B135,B138,B26,B46,B69,B7,B70,B87,B93,C13,C17,C32,C39,C40,C45,C58,C60,C68,C70,C78,D2,D5
Chr1:66829724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B16
Chr1:66829738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A22,B53,C37,C84
Chr1:66829778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,D8
Chr1:66829797 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B136,B16
Chr1:66829797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B16
Chr1:66829799 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 22 B22,B26,B30,B32,B45,B49,B54,B58,B68,B74,B75,B83,B89,C19,C41,C42,C5,C51,C64,C66,C9,D9
Chr1:66830045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr1:66830069 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 41 A10,A19,A2,A3,A4,B10,B102,B108,B117,B121,B124,B129,B131,B132,B135,B136,B137,B140,B42,B43,B46,B48,B52,B53,B76,B8,B88,B94,C17,C2,C23,C42,C50,C55,C6,C60,C61,C71,C80,D10,D2
Chr1:66830104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,D8
Chr1:66830106 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 40 A10,A19,A2,A3,A4,B10,B102,B108,B117,B121,B124,B129,B131,B132,B135,B136,B137,B140,B42,B43,B46,B48,B52,B53,B76,B8,B94,C17,C2,C23,C42,C50,C55,C6,C60,C61,C71,C80,D10,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

19 records

下载 cDNA FASTA
XR_009095230.1
AACGGAGATGTACTAATCAAGCCATAACTGCTTTTTCTCCAACATCAGAACTCTAGTTTTATCAACGCAAAACAGAACCTCCGCCCCCACCCGGAGCCACGCCGTCGAACCCCGCTTCTTCTCCCCGCCGTCATTCCAGAACCGCCGCCCCGCTCCGAGCCACGCCGTCGATCTCCATAATCTTCTTTCCGCCGTCGATCTCCGCAATCTTCTCCTTGCCGTCGATGCGAAACCGCCGCCTGGTCCAGAACCGCCCATAT...
XR_009095220.1
AACGGAGATGTACTAATCAAGCCATAACTGCTTTTTCTCCAACATCAGAACTCTAGTTTTATCAACGCAAAACAGAACCTCCGCCCCCACCCGGAGCCACGCCGTCGAACCCCGCTTCTTCTCCCCGCCGTCATTCCAGAACCGCCGCCCCGCTCCGAGCCACGCCGTCGATCTCCATAATCTTCTTTCCGCCGTCGATCTCCGCAATCTTCTCCTTGCCGTCGATGCGAAACCGCCGCCTGGTCCAGAACCGCCCATAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005209
ATGCCGTCAATCCCGCGCCGCCGCTCACCATGGATGGAACTAGCCTACAATAGCAATTGGATCAGCATTTGGAAACTATCTGAGCTTCATCCGTTCCGGATTCTATGGGGGAAGAACACGCTGAGCACTGCTAGTGAAGAACTATTATTGGAGGGATTGTTGCTAACTATTCTTGCAACTATAGGAAATGGCTCATGTTTTCAGCTTGTAGGAGTGCCAGATTATCACTTGCTAGCAAACTTTTCCAAGGATGCATCAAA...
LOC131005209
ATGGAACTAGCCTACAATAGCAATTGGATCAGCATTTGGAAACTATCTGAGCTTCATCCGTTCCGGATTCTATGGGGGAAGAACACGCTGAGCACTGCTAGTGAAGAACTATTATTGGAGGGATTGTTGCTAACTATTCTTGCAACTATAGGAAATGGCTCATGTTTTCAGCTTGTAGGAGTGCCAGATTATCACTTGCTAGCAAACTTTTCCAAGGATGCATCAAATGGTTTGGGGGATTTTGAAGAAACATCTAATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788029.1
MPSIPRRRSPWMELAYNSNWISIWKLSELHPFRILWGKNTLSTASEELLLEGLLLTILATIGNGSCFQLVGVPDYHLLANFSKDASNGLGDFEETSNDDIKSFFDSSSPLKDVAEIKRKTEEFIFSVVSCPQIKSMLNWTREMSTWPHELLNDVLDVYDTSTIYITSASHDDISYWH
XP_057788030.1
MELAYNSNWISIWKLSELHPFRILWGKNTLSTASEELLLEGLLLTILATIGNGSCFQLVGVPDYHLLANFSKDASNGLGDFEETSNDDIKSFFDSSSPLKDVAEIKRKTEEFIFSVVSCPQIKSMLNWTREMSTWPHELLNDVLDVYDTSTIYITSASHDDISYWH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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