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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004874

染色体: Chr01 坐标: 66837573-66839486 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004874
名称SmilChr01G004874
描述protein TUNICAMYCIN INDUCED 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向66837573 - 66839486 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005212
GeneID131005212
locus_tag-
NCBI NameLOC131005212
原始查询LOC131005212

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TUNICAMYCIN INDUCED 1-like
产物protein TUNICAMYCIN INDUCED 1-like
ArabidopsisAT5G64510 (TIN1)
tunicamycin induced protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836572]
identity=64.5; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0767600
-
identity=55.9; qcov=0.94; evalue=1.91e-141; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF28340 (TIN1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005212

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057788034.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057788034.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057788034.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057788034.1
5 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057788034.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:66837707 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B52
Chr1:66837707 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B52
Chr1:66837722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,D8
Chr1:66838064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,C15,C21,C8
Chr1:66838205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:66838563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B33,C22,C29
Chr1:66838693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B57,C50,D4
Chr1:66838745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,B92
Chr1:66838754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr1:66838791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:66838799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:66838816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788034.1
434 aa
N
1
217
434
TIN1
C
PF28340 TIN1 71-423 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788034.1 Pfam PF28340 TIN1 Family 71 423 4.3e-163 543.3 TIN1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932051.1
AGATTTCATTTTTCTCCTGAACAAATCAAATACAGAAATTTGTAATCAACAGCTCCTTGATTTTCTGCTCAGAATCTCCCTTCTTTCCTCACCCATCAATGGATTCAGAGCGGCCATCTCCGGTCATCGCTGCCGCCTTCTGTTTGCTTCTGGTCGGAACTCAAATTTCTAAATCGTCCGCTTTGGTTGCCGCCCCAGATTCCAATCCTCCCTATCCAAAAGCTATTTCCGATTTGAAAGAAGCGATTGTGAAGGGATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005212
ATGGATTCAGAGCGGCCATCTCCGGTCATCGCTGCCGCCTTCTGTTTGCTTCTGGTCGGAACTCAAATTTCTAAATCGTCCGCTTTGGTTGCCGCCCCAGATTCCAATCCTCCCTATCCAAAAGCTATTTCCGATTTGAAAGAAGCGATTGTGAAGGGATTAGGGCTCCAAGCTGATGATTTTAAGATATCCGGATTCGATTTGAGGGATGCTCTGGTGGGGAGATCAGTAGCATATGAATTCGACGTGGAGATTGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788034.1
MDSERPSPVIAAAFCLLLVGTQISKSSALVAAPDSNPPYPKAISDLKEAIVKGLGLQADDFKISGFDLRDALVGRSVAYEFDVEIENKVLPLKLLEDVNRWEYVDLPIFQMENSARPGEENVLLERRKVDDQMPVLAPFQLAGPMELWIQDAKDMRISLPHDVDAGVLKKVILADGAVVTVKGARSVSLRHPVELPLPLNVTNNGFATGLISLAERFQDAARSQEDGPLLSLRIVGPTSLTSPAPSSPSSSNRLKLKRLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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