当前解析结果
SmilChr01G004886| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004886 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004886 |
| 描述 | pathogenesis-related leaf protein 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 66927376 - 66928178 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005227 |
|---|---|
| GeneID | 131005227 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005227 |
| 原始查询 | LOC131005227 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pathogenesis-related leaf protein 6-like |
| 产物 | pathogenesis-related leaf protein 6-like |
| Arabidopsis | AT2G14580 (PRB1)basic pathosis-related protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815945] identity=57.7; qcov=1; evalue=1.28e-61; confidence=high |
| Rice | Os01g0382000 (OsPR1b)- identity=59.9; qcov=0.871; evalue=2.05e-52; confidence=high |
| GO | GO:0005576 (extracellular region); GO:0005615 (GO:0005615) |
| KEGG | smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00188 (CAP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005227 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057788050.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057788050.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057788050.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788050.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788050.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:66927976 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,A21,B52,B8,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788050.1PF00188
CAP 34-151 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788050.1 |
Pfam | PF00188 |
CAP | Domain | 34 | 151 | 3.8e-20 | 73.6 | Cysteine-rich secretory protein family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。