Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004887`

染色体: Chr01 坐标: 66932898-66933727 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004887`
名称	SmilChr01G004887
描述	pathogenesis-related protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66932898 - 66933727 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005228`
GeneID	`131005228`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005228`
原始查询	`LOC131005228`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pathogenesis-related protein 1-like
产物	pathogenesis-related protein 1-like
Arabidopsis	`AT1G50060` (AT1G50060) CAP (Cysteine-rich secretory proteins, Antigen 5, and Pathosis-related 1 protein) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841430] identity=57.8; qcov=1; evalue=1.04e-59; confidence=high
Rice	`Os07g0129300` (OsPR1) - identity=55.6; qcov=0.894; evalue=4.26e-46; confidence=medium
GO	GO:0005615 (GO:0005615)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00188 (CAP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005228

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057788051.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788051.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788051.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788051.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788051.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66933055`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr1:66933121`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B24,B59,B76
`Chr1:66933135`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr1:66933240`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B17,B69,C61
`Chr1:66933327`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,B57,D4
`Chr1:66933353`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	26	B106,B108,B137,B30,B34,B37,B44,B48,B50,B58,B60,B62,B86,B9,C12,C14,C20,C25,C29,C39,C47,C48,C71,C74,C76,D5
`Chr1:66933354`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	26	B106,B108,B137,B30,B34,B37,B44,B48,B50,B58,B60,B62,B86,B9,C12,C14,C20,C25,C29,C39,C47,C48,C71,C74,C76,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788051.1

161 aa

161

CAP

PF00188 CAP 31-149 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788051.1`	Pfam	`PF00188`	CAP	Domain	31	149	1.7e-23	84.4	Cysteine-rich secretory protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932068.1
AAAAACATTCCATACATATCCACAAGTGAAAATGGGTTGCGACAAATATGTGATAATCGCCCTTGTTTCCGTTGTAGGTTTAATAATCCCGGCGAGTGGGCAGAACGCGGCGCAGGACTACGTGAACGCCCACAACGGACCCCGGAGCCAAGTGGGCGTGGGGCCGGTGAGCTGGAATCCGACACTGGCCACGTACGCGCTGAACTATGCCAACACGATGACCGGGAGCTGCAATCTGACGCACTCGACGGGGCCCTACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005228
ATGGGTTGCGACAAATATGTGATAATCGCCCTTGTTTCCGTTGTAGGTTTAATAATCCCGGCGAGTGGGCAGAACGCGGCGCAGGACTACGTGAACGCCCACAACGGACCCCGGAGCCAAGTGGGCGTGGGGCCGGTGAGCTGGAATCCGACACTGGCCACGTACGCGCTGAACTATGCCAACACGATGACCGGGAGCTGCAATCTGACGCACTCGACGGGGCCCTACGGGGAGAACCTAGCCAAGGGCAGCAGCAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788051.1
MGCDKYVIIALVSVVGLIIPASGQNAAQDYVNAHNGPRSQVGVGPVSWNPTLATYALNYANTMTGSCNLTHSTGPYGENLAKGSSSSFTGVSAVNLWAAEKQYYDHANNCCIGTNQCLHYTQLVWHDSTQIGCARVRCNNGWYFVICSYQQPGNWEGESPY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器