Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004904`

染色体: Chr01 坐标: 67101257-67103063 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004904`
名称	SmilChr01G004904
描述	F-box protein SKIP22-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	67101257 - 67103063 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005243`
GeneID	`131005243`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005243`
原始查询	`LOC131005243`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein SKIP22-like
产物	F-box protein SKIP22-like
Arabidopsis	`AT1G23780` (AT1G23780) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838989] identity=35.4; qcov=1.02; evalue=7.49e-63; confidence=medium
Rice	`Os03g0232000` (OsFbox136) - identity=30.2; qcov=1.02; evalue=9.71e-51; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005243

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788097.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057788097.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788097.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788097.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788097.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:67101533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr1:67102072`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B131,B17,B46,B69
`Chr1:67102259`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B87,C36,C49,C63
`Chr1:67102394`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr1:67102407`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,C15,C21
`Chr1:67102416`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr1:67102594`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:67102857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,A3
`Chr1:67102870`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	80	A11,A13,A16,A19,A20,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A7,B10,B102,B107,B108,B111,B113,B114,B115,B121,B123,B126,B128,B133,B137,B14,B140,B15,B19,B2,B20,B21,B25,B26,B28,B3,B32,B34,B35,B43,B44,B50,B53,B55,B62,B64,B72,B80,B83,B86,B88,B91,B95,B98,B99,C11,C18,C20,C21,C23,C25,C28,C30,C35,C39,C44,C46,C53,C55,C57,C60,C65,C69,C7,C72,C81,C85,C87,D7
`Chr1:67102871`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	80	A11,A13,A16,A19,A20,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A7,B10,B102,B107,B108,B111,B113,B114,B115,B121,B123,B126,B128,B133,B137,B14,B140,B15,B19,B2,B20,B21,B25,B26,B28,B3,B32,B34,B35,B43,B44,B50,B53,B55,B62,B64,B72,B80,B83,B86,B88,B91,B95,B98,B99,C11,C18,C20,C21,C23,C25,C28,C30,C35,C39,C44,C46,C53,C55,C57,C60,C65,C69,C7,C72,C81,C85,C87,D7
`Chr1:67102878`	`A`	`AGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	77	A11,A13,A16,A19,A20,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A7,B10,B102,B107,B108,B111,B113,B114,B115,B126,B133,B137,B14,B140,B19,B2,B20,B21,B25,B26,B28,B3,B32,B34,B35,B43,B44,B50,B53,B55,B62,B64,B72,B73,B80,B83,B86,B88,B91,B95,B98,B99,C11,C18,C20,C21,C23,C25,C28,C30,C35,C39,C44,C46,C53,C55,C57,C60,C65,C69,C7,C72,C81,C85,C87,D7
`Chr1:67102881`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B20,B44,B53,B82,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788097.1

506 aa

253

506

F-box

F-box-like

PF00646 F-box 355-395 aa PF12937 F-box-like 356-396 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788097.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	355	395	2.6e-06	27.8	F-box domain
`XP_057788097.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	356	396	1.2e-07	32.1	F-box-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932114.1
GGGCCGAGTCCAAGACCCACCGCCATCCGTATTTGATCCGACTCCATAAACAGTATACTTCTGCTATTCTACTTTCTCCCTCATCCACCCAACCTCTCTGTGCAAACTGCGAAAGCCATGAAACTCAGAGTCAGACCATTCCAATCAAAGGAAACCCTTAAAATCGAAGTCCCAAATTCCTCCTCTCTCCTCCAACTCCAACAAATCCTCTCCCAAACCCTACCCAATTCACCATCTCCTGCTTCAATCCGCCTCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005243
ATGAAACTCAGAGTCAGACCATTCCAATCAAAGGAAACCCTTAAAATCGAAGTCCCAAATTCCTCCTCTCTCCTCCAACTCCAACAAATCCTCTCCCAAACCCTACCCAATTCACCATCTCCTGCTTCAATCCGCCTCTCTCTTAATCGGAAAGATGACATCCAATCCGACGGCGCAGACAGCCTCCAATCTCTCGGCATCGCCGCCGGTGACCTTATCTATTTCTCCGTTGAAGATCCGGCGGCCGCTACCGGTTCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788097.1
MKLRVRPFQSKETLKIEVPNSSSLLQLQQILSQTLPNSPSPASIRLSLNRKDDIQSDGADSLQSLGIAAGDLIYFSVEDPAAATGSNSWITLSQVNDSTPTSRSNDSGCSTTLNPQNTLPETDNSDSVMLESQKRKTLGTASNMEVDEDDIENSRMSNELFEVVDNSFSVPGFLRKVFAAELGDDAGRDHKLIVIAVHAVLLESGFVGFDEKANAVVDCFQLRNEWPSGLFRVSLSYTLPESIGGAGEAIKRVVLKFQSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器