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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004906

染色体: Chr01 坐标: 67109976-67110610 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004906
名称SmilChr01G004906
描述phytosulfokines-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67109976 - 67110610 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005245
GeneID131005245
locus_tag-
NCBI NameLOC131005245
原始查询LOC131005245

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phytosulfokines-like
产物phytosulfokines-like
ArabidopsisAT2G22860 (PSK2)
phytosulfokine 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816817]
identity=35.2; qcov=1.13; evalue=1.35e-07; confidence=low
RiceOs03g0675600 (OsPSK5)
-
identity=36.2; qcov=1.03; evalue=6.83e-06; confidence=low
GOGO:0005576 (extracellular region); GO:0008083 (growth factor activity); GO:0008283 (cell population proliferation)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF06404 (PSK)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005245

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057788099.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788099.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788099.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788099.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788099.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67110212 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C33
Chr1:67110212 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 C33
Chr1:67110222 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 12 A1,A14,A16,A19,A22,B102,B80,B98,C21,C37,C44,C56
Chr1:67110225 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 12 A1,A14,A16,A19,A22,B102,B80,B98,C21,C37,C44,C56
Chr1:67110250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788099.1
80 aa
N
1
40
80
PSK
C
PF06404 PSK 38-79 aa
XP_057788100.1
78 aa
N
1
39
78
PSK
C
PF06404 PSK 38-77 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788099.1 Pfam PF06404 PSK Family 38 79 2.6e-11 45.1 Phytosulfokine precursor protein (PSK)
XP_057788100.1 Pfam PF06404 PSK Family 38 77 6.6e-11 43.8 Phytosulfokine precursor protein (PSK)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932117.1
GGTTTAACTTTTTGGATATATCCAACTAAAAGTTTCCAAGAGAGTTAATCCAATTTCCATGAAAAAATAAAGGCGCAGCACCCTTGTAGCCACGCTATTATCTCAACTTCTTGGCCGTCCGAATATAATTTTCCAACGTTAATTATGGACCCTTCTCCATCTACATATACACCTAATTAATTTGAGTTAGAGCTTAATTACTCAGAAATTTGAGCAGCATGGCCAAAACCACCACCACACTCCTCCTCCTCCTCCTCCTT...
XM_057932116.1
CGTCCGAATATAATTTTCCAACGTTAATTATGGACCCTTCTCCATCTACATATACACCTAATTAATTTGAGTTAGAGCTTAATTACTCAGAAATTTGAGCAGCATGGCCAAAACCACCACCACACTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTAGCAGTGGACGTCCTCGGCCGGCCGGGCCCCGCATTTCACGACGTCACTCCCATAGAAAATCATCACGCGGAACAGGAGGGGCAGGCCGCGGAGGATCGAGATAACTGCGTGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005245
ATGGCCAAAACCACCACCACACTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTAGCAGTGGACGTCCTCGGCCGGCCGGGCCCCGCATTTCACGACGTCACTCCCATAGAAAATCATCACGCGGAACAGGAGGGGCAGGCCGCGGAGGATCGAGATAACTGCGTGGGATTGAGAGAAGATGAGTGCATGATGAAGAGAACAGTTGAAGCACAACTTGATTATATCTACACGCAGAAGAAGAAGCACCCCTGA
LOC131005245
ATGGCCAAAACCACCACCACACTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTAGCAGTGGACGTCCTCGGCCGGCCGGGCCCCGCATTTCACGACGTCACTCCCATAGAAAATCATCACGCGGAGGGGCAGGCCGCGGAGGATCGAGATAACTGCGTGGGATTGAGAGAAGATGAGTGCATGATGAAGAGAACAGTTGAAGCACAACTTGATTATATCTACACGCAGAAGAAGAAGCACCCCTGA

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788099.1
MAKTTTTLLLLLLLLAVDVLGRPGPAFHDVTPIENHHAEQEGQAAEDRDNCVGLREDECMMKRTVEAQLDYIYTQKKKHP
XP_057788100.1
MAKTTTTLLLLLLLLAVDVLGRPGPAFHDVTPIENHHAEGQAAEDRDNCVGLREDECMMKRTVEAQLDYIYTQKKKHP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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