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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004908

染色体: Chr01 坐标: 67115261-67119955 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004908
名称SmilChr01G004908
描述uncharacterized SmilChr01G004908
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67115261 - 67119955 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005248
GeneID131005248
locus_tag-
NCBI NameLOC131005248
原始查询LOC131005248

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841424]; symbol=AT1G50000; hit=AT1G50000; species=arabidopsis; confidence=high
产物methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841424]; symbol=AT1G50000; hit=AT1G50000; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G50000 (AT1G50000)
methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841424]
identity=61.1; qcov=0.976; evalue=2.74e-122; confidence=high
RiceOs03g0729700
-
identity=60.5; qcov=0.916; evalue=3.47e-119; confidence=high
GOGO:0070042 (rRNA (uridine-N3-)-methyltransferase activity); GO:0070475 (rRNA base methylation)
KEGG-
PfamPF04452 (Methyltrans_RNA); PF20260 (PUA_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005248

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057788102.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057788102.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788102.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788102.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788102.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67115673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:67116526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:67117006 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C83
Chr1:67117006 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C83
Chr1:67118021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:67118115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788102.1
287 aa
N
1
144
287
PUA_4
Methyltrans_RNA
C
PF20260 PUA_4 61-103 aa PF04452 Methyltrans_RNA 121-275 aa
XP_057788103.1
287 aa
N
1
144
287
PUA_4
Methyltrans_RNA
C
PF20260 PUA_4 61-103 aa PF04452 Methyltrans_RNA 121-275 aa
XP_057788104.1
287 aa
N
1
144
287
PUA_4
Methyltrans_RNA
C
PF20260 PUA_4 61-103 aa PF04452 Methyltrans_RNA 121-275 aa
XP_057788105.1
287 aa
N
1
144
287
PUA_4
Methyltrans_RNA
C
PF20260 PUA_4 61-103 aa PF04452 Methyltrans_RNA 121-275 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788102.1 Pfam PF20260 PUA_4 Domain 61 103 7.3e-13 49.1 RNA methyltransferase PUA domain
XP_057788102.1 Pfam PF04452 Methyltrans_RNA Domain 121 275 5.2e-38 130.9 RNA methyltransferase domain
XP_057788103.1 Pfam PF20260 PUA_4 Domain 61 103 7.3e-13 49.1 RNA methyltransferase PUA domain
XP_057788103.1 Pfam PF04452 Methyltrans_RNA Domain 121 275 5.2e-38 130.9 RNA methyltransferase domain
XP_057788104.1 Pfam PF20260 PUA_4 Domain 61 103 7.3e-13 49.1 RNA methyltransferase PUA domain
XP_057788104.1 Pfam PF04452 Methyltrans_RNA Domain 121 275 5.2e-38 130.9 RNA methyltransferase domain
XP_057788105.1 Pfam PF20260 PUA_4 Domain 61 103 7.3e-13 49.1 RNA methyltransferase PUA domain
XP_057788105.1 Pfam PF04452 Methyltrans_RNA Domain 121 275 5.2e-38 130.9 RNA methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932122.1
TTTTTCTATATAGTCGCTCAATTGCGGATGATGTCGGAAACCGTCCTTCAAAACCCTGTGCGAAGAATTAGGAGTGTCTGGCGATAAACCCTGCTGCCGGAGGAAGGCGGAGCTCTTCTAATGCAAGTCCTAGGTTGTAATCCTCGGCTTTTCAGCCTAATTAACCGCTCAATGCACCATTTGAATCTCCGGTCATTCTCTTCGTCTTCATCTTCAGCCTATTTCAGCCAGTCACGCGGCGGACTTCCTCGGTTCTTCTC...
XM_057932119.1
TTTTTCTATATAGTCGCTCAATTGCGGATGATGTCGGAAACCGTCCTTCAAAACCCTGTGCGAAGAATTAGGAGTGTCTGGCGATAAACCCTGCTGCCGGAGGAAGGCGGAGCTCTTCTAATGCAAGTCCTAGGTTGTAATCCTCGGCTTTTCAGCCTAATTAACCGCTCAATGCACCATTTGAATCTCCGGTCATTCTCTTCGTCTTCATCTTCAGCCTATTTCAGCCAGTCACGCGGCGGACTTCCTCGGTTCTTCTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131005248
ATGCAAGTCCTAGGTTGTAATCCTCGGCTTTTCAGCCTAATTAACCGCTCAATGCACCATTTGAATCTCCGGTCATTCTCTTCGTCTTCATCTTCAGCCTATTTCAGCCAGTCACGCGGCGGACTTCCTCGGTTCTTCTCCGAAACACTACCTACTACTAAAGGTGGTTTAGTGAGAGTGAAAGGCGACGAATTCTGGCACATGACCAAGGTTCTAAGACTAGGAATTGATGATAGGTTAGAGCTATTTAATGGAAAGGG...
LOC131005248
ATGCAAGTCCTAGGTTGTAATCCTCGGCTTTTCAGCCTAATTAACCGCTCAATGCACCATTTGAATCTCCGGTCATTCTCTTCGTCTTCATCTTCAGCCTATTTCAGCCAGTCACGCGGCGGACTTCCTCGGTTCTTCTCCGAAACACTACCTACTACTAAAGGTGGTTTAGTGAGAGTGAAAGGCGACGAATTCTGGCACATGACCAAGGTTCTAAGACTAGGAATTGATGATAGGTTAGAGCTATTTAATGGAAAGGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057788102.1
MQVLGCNPRLFSLINRSMHHLNLRSFSSSSSSAYFSQSRGGLPRFFSETLPTTKGGLVRVKGDEFWHMTKVLRLGIDDRLELFNGKGGLVEGRIESIDRSGMDFEALENPKLVSPPTTQWHIFAAFSTIKGGRADWLVEKCTELGASSLTPLLTVRSQSISENRADRLQRVVLAATKQCQRLHEMTLKPPMAVGELLPVVANSRLAFLAAAEATPVFNVLSSLNKEPNGMIIIGPEGDFTEKELNSLREAGAIAVGLGPH...
XP_057788103.1
MQVLGCNPRLFSLINRSMHHLNLRSFSSSSSSAYFSQSRGGLPRFFSETLPTTKGGLVRVKGDEFWHMTKVLRLGIDDRLELFNGKGGLVEGRIESIDRSGMDFEALENPKLVSPPTTQWHIFAAFSTIKGGRADWLVEKCTELGASSLTPLLTVRSQSISENRADRLQRVVLAATKQCQRLHEMTLKPPMAVGELLPVVANSRLAFLAAAEATPVFNVLSSLNKEPNGMIIIGPEGDFTEKELNSLREAGAIAVGLGPH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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