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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001335

染色体: Chr01 坐标: 26537828-26539671 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001335
名称SmilChr01G001335
描述uncharacterized SmilChr01G001335
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向26537828 - 26539671 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005266
GeneID131005266
locus_tag-
NCBI NameLOC131005266
原始查询LOC131005266

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=28.4; qcov=0.199; evalue=5.12e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005266

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788137.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 1.00000 XP_057788137.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.60000 XP_057788137.1
4 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057788137.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057788137.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:26538229 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A4,B128,B49,C63
Chr1:26538229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B128,B49,C63
Chr1:26538243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C75
Chr1:26538250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A4,B52,C68
Chr1:26538251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr1:26538273 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B27
Chr1:26538273 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B27
Chr1:26538283 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B55
Chr1:26538283 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:26538286 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B135,D11
Chr1:26538286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,D11
Chr1:26538291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932154.1
ATGAATCAGGTGGAGCCTCAACCCGTTCAAGCACCGCCAGCACAAGCACCGCCAGCTCAGGCACCGCCAGCAGAAGGGTGTGGCATTTGTGGCGATTTTAGCCACGGAACTAACGAGTGCCACCGAATGGGGGAGTTCACACCTGAAGGGGAGGCAGAGAACCAGCAGCAGTTCTACCCACCTCAACAGCAGTTCCCCTTTCCTCAGCAGCAGAACTACCCACAAGCTTACCAGCAGCAGCCACCGCAGTATCAGCAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005266
ATGAATCAGGTGGAGCCTCAACCCGTTCAAGCACCGCCAGCACAAGCACCGCCAGCTCAGGCACCGCCAGCAGAAGGGTGTGGCATTTGTGGCGATTTTAGCCACGGAACTAACGAGTGCCACCGAATGGGGGAGTTCACACCTGAAGGGGAGGCAGAGAACCAGCAGCAGTTCTACCCACCTCAACAGCAGTTCCCCTTTCCTCAGCAGCAGAACTACCCACAAGCTTACCAGCAGCAGCCACCGCAGTATCAGCAGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788137.1
MNQVEPQPVQAPPAQAPPAQAPPAEGCGICGDFSHGTNECHRMGEFTPEGEAENQQQFYPPQQQFPFPQQQNYPQAYQQQPPQYQQYQQPPMQQANFQQQQQQFQTAPQQFQKQAQPQKPTLEDTMQSFMEMTKQSMESQSATIKRLETTVGQLSGTLNQMQQQQQPGKLHGQGLQPHQAQAVTVLRNGKVVNNKVEAPVEEPPKEARMEEQVKEPLQPREEENEKEKEPEVKLHKAAKPYKPPVPYPSRLKNEKLDQQF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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