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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004938

染色体: Chr01 坐标: 67496045-67500884 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004938
名称SmilChr01G004938
描述BTB/POZ domain-containing protein NPY2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67496045 - 67500884 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005276
GeneID131005276
locus_tag-
NCBI NameLOC131005276
原始查询LOC131005276

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ domain-containing protein NPY2
产物BTB/POZ domain-containing protein NPY2
ArabidopsisAT2G14820 (NPY2)
Phototropic-responsive NPH3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815970]
identity=64.3; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0583500
-
identity=55.1; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00651 (BTB); PF03000 (NPH3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005276

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057788146.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057788146.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057788146.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057788146.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788146.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67499035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,C38,C71,C9
Chr1:67499144 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B3,B35,C83
Chr1:67499152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C8
Chr1:67499207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr1:67499362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr1:67499614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,A8
Chr1:67499779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:67499860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:67499863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C38,C71
Chr1:67499875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C8
Chr1:67499877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:67499878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788146.1
632 aa
N
1
316
632
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 39-130 aa PF03000 NPH3 222-475 aa
XP_057788147.1
632 aa
N
1
316
632
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 39-130 aa PF03000 NPH3 222-475 aa
XP_057788148.1
632 aa
N
1
316
632
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 39-130 aa PF03000 NPH3 222-475 aa
XP_057788149.1
620 aa
N
1
310
620
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 27-118 aa PF03000 NPH3 210-463 aa
XP_057788150.1
620 aa
N
1
310
620
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 27-118 aa PF03000 NPH3 210-463 aa
XP_057788151.1
620 aa
N
1
310
620
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 27-118 aa PF03000 NPH3 210-463 aa
XP_057788152.1
620 aa
N
1
310
620
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 27-118 aa PF03000 NPH3 210-463 aa
XP_057788153.1
620 aa
N
1
310
620
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 27-118 aa PF03000 NPH3 210-463 aa
XP_057788154.1
620 aa
N
1
310
620
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 27-118 aa PF03000 NPH3 210-463 aa
XP_057788155.1
620 aa
N
1
310
620
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 27-118 aa PF03000 NPH3 210-463 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788146.1 Pfam PF00651 BTB Domain 39 130 2.6e-06 28.3 BTB/POZ domain
XP_057788146.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 222 475 1e-90 304.7 NPH3 family
XP_057788147.1 Pfam PF00651 BTB Domain 39 130 2.6e-06 28.3 BTB/POZ domain
XP_057788147.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 222 475 1e-90 304.7 NPH3 family
XP_057788148.1 Pfam PF00651 BTB Domain 39 130 2.6e-06 28.3 BTB/POZ domain
XP_057788148.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 222 475 1e-90 304.7 NPH3 family
XP_057788149.1 Pfam PF00651 BTB Domain 27 118 2.5e-06 28.3 BTB/POZ domain
XP_057788149.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 210 463 9.6e-91 304.7 NPH3 family
XP_057788150.1 Pfam PF00651 BTB Domain 27 118 2.5e-06 28.3 BTB/POZ domain
XP_057788150.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 210 463 9.6e-91 304.7 NPH3 family
XP_057788151.1 Pfam PF00651 BTB Domain 27 118 2.5e-06 28.3 BTB/POZ domain
XP_057788151.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 210 463 9.6e-91 304.7 NPH3 family
XP_057788152.1 Pfam PF00651 BTB Domain 27 118 2.5e-06 28.3 BTB/POZ domain
XP_057788152.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 210 463 9.6e-91 304.7 NPH3 family
XP_057788153.1 Pfam PF00651 BTB Domain 27 118 2.5e-06 28.3 BTB/POZ domain
XP_057788153.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 210 463 9.6e-91 304.7 NPH3 family
XP_057788154.1 Pfam PF00651 BTB Domain 27 118 2.5e-06 28.3 BTB/POZ domain
XP_057788154.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 210 463 9.6e-91 304.7 NPH3 family
XP_057788155.1 Pfam PF00651 BTB Domain 27 118 2.5e-06 28.3 BTB/POZ domain
XP_057788155.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 210 463 9.6e-91 304.7 NPH3 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932165.1
AAGGAGCTTCTTACATGAGAGCTGTCTTTACTGTTTGAGTTTTTCACCTTTAACTTTTCACTTTGTCCTTGCTCACAAATGGAAAAGGGTAATTCTGGGGAAGAAAGCATTGCATTGCTTATTCCAGCAAAACGGCCTTAGTGAAAGCTATACGGAGAGATGCTCATTGTCTACCGTTTTGGTGGTTGATTCATCTGATACCGAGATGCTGTTTTCCGTTGCAGGTTTTGAACTGCCACAGATGAAGTTTATGAAGCTTG...
XM_057932167.1
TTACATGAGAGCTGTCTTTACTGTTTGAGTTTTTCACCTTTAACTTTTCACTTTGTCCTTGCTCACAAATGGAAAAGGGTAATTCTGGGGAAGAAAGCATTGCATTGCTTATTCCAGCAAAACGGCCTTAGTGAAAGCTATACGGAGAGATGCTCATTGTCTACCGTTTTGGTGGTTGATTCATCTGATACCGAGATGCTGTTTTCCGTTGCAGGTGTTTCCGGACTCCATGGGCTCTGCCGCCGACCAAGGAAACAGCC...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC131005276
ATGCTGTTTTCCGTTGCAGGTTTTGAACTGCCACAGATGAAGTTTATGAAGCTTGGATCCAAGCCTGATACCTTTCAGACTGATGGGAACAGCGTCAGATATGTGGCTAGTGAGTTGGCTACAGATGTTATTGTTCATGTTGGCGATGTTAAGTTCTACCTTCACAAGTTTCCTCTTCTCTCTAAATGTGCACGGTTACAGAAGTTGGTTTCTTCGGGTAATGAAGGAAATGGCGATGAGGTCAAGATTGATGATATTCC...
LOC131005276
ATGCTGTTTTCCGTTGCAGGTTTTGAACTGCCACAGATGAAGTTTATGAAGCTTGGATCCAAGCCTGATACCTTTCAGACTGATGGGAACAGCGTCAGATATGTGGCTAGTGAGTTGGCTACAGATGTTATTGTTCATGTTGGCGATGTTAAGTTCTACCTTCACAAGTTTCCTCTTCTCTCTAAATGTGCACGGTTACAGAAGTTGGTTTCTTCGGGTAATGAAGGAAATGGCGATGAGGTCAAGATTGATGATATTCC...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057788146.1
MLFSVAGFELPQMKFMKLGSKPDTFQTDGNSVRYVASELATDVIVHVGDVKFYLHKFPLLSKCARLQKLVSSGNEGNGDEVKIDDIPGGASAFEVCAKFCYGMTVTLNAYNVVTTRCAAEYLEMHETVEKGNLIYKVDVFLNSVIFRSWKDSIIVVQTTKSTSPLPEEVKIISQCIDAIASKASVHVSKVDWSYTYNRKKIAEENGNDPSWNGLRNRTVPSDWWVEDLCELDIDLFKRIIMNIKNKQLVSSEVIGEALKA...
XP_057788147.1
MLFSVAGFELPQMKFMKLGSKPDTFQTDGNSVRYVASELATDVIVHVGDVKFYLHKFPLLSKCARLQKLVSSGNEGNGDEVKIDDIPGGASAFEVCAKFCYGMTVTLNAYNVVTTRCAAEYLEMHETVEKGNLIYKVDVFLNSVIFRSWKDSIIVVQTTKSTSPLPEEVKIISQCIDAIASKASVHVSKVDWSYTYNRKKIAEENGNDPSWNGLRNRTVPSDWWVEDLCELDIDLFKRIIMNIKNKQLVSSEVIGEALKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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