当前解析结果
SmilChr01G004939| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004939 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004939 |
| 描述 | exocyst complex component SEC10b-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 67503736 - 67512271 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005277 |
|---|---|
| GeneID | 131005277 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005277 |
| 原始查询 | LOC131005277 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | exocyst complex component SEC10b-like |
| 产物 | exocyst complex component SEC10b-like |
| Arabidopsis | AT5G12370 (SEC10)exocyst complex component sec10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831112] identity=72.7; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0238100 (SEC10)- identity=66.8; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000145 (exocyst); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006887 (exocytosis); GO:0006893 (Golgi to plasma membrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07393 (Sec10_HB); PF20667 (Sec10_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005277 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057788156.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.80000 | XP_057788156.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057788156.1 |
| 4 | Phragmoplast | Phragmoplast | 0.40000 | XP_057788156.1 |
| 5 | Endocytic vesicle | Endocytic vesicle | 0.20000 | XP_057788156.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:67507303 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr1:67508055 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B23,B94,C39 |
Chr1:67508221 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C8 |
Chr1:67509666 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:67509903 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,C38,C71,C9 |
Chr1:67511223 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr1:67511787 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B36 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788156.1PF20667
Sec10_N 86-202 aa
PF07393
Sec10_HB 209-813 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788156.1 |
Pfam | PF20667 |
Sec10_N | Repeat | 86 | 202 | 7.9e-31 | 107.3 | Exocyst complex component Sec10, N-terminal |
XP_057788156.1 |
Pfam | PF07393 |
Sec10_HB | Repeat | 209 | 813 | 9.8e-136 | 454.4 | Exocyst complex component Sec10-like, alpha-helical bundle |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。