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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004941

染色体: Chr01 坐标: 67534638-67536477 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004941
名称SmilChr01G004941
描述40S ribosomal protein S29-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67534638 - 67536477 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005279
GeneID131005279
locus_tag-
NCBI NameLOC131005279
原始查询LOC131005279

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述40S ribosomal protein S29-like
产物40S ribosomal protein S29-like
ArabidopsisAT3G44010 (AT3G44010)
Ribosomal protein S14p/S29e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823518]
identity=89.3; qcov=1; evalue=3.02e-33; confidence=medium
RiceOs12g0508300
-
identity=92.9; qcov=1; evalue=4.73e-36; confidence=medium
GOGO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit)
KEGGsmil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00253 (Ribosomal_S14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005279

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788159.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788159.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788159.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788159.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788159.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788159.1
56 aa
N
1
28
56
Ribosomal_S14
C
PF00253 Ribosomal_S14 7-55 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788159.1 Pfam PF00253 Ribosomal_S14 Family 7 55 9.6e-16 58.0 Ribosomal protein S14p/S29e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932176.1
AGGGACGTGAAAGGTCCATTACGCCCCCGATCTCGATCCGTTATTTCCAATTCAACATTAGGGTTTTGCTTATGCAACATATAAATTGCGTACTCAGAGAAATTTGAGAACTCTCTCCATCGTAACTACCAATTAGGTTTCTAACACAGATTCATAAACCCAATTCTTGTAGAAGAAGACATGGGGCACTCCAACATCTGGAATTCTCACCCGAAAAATTATGGCCCTGGATCCCGCACCTGCCGTGTTTGCGGGAACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005279
ATGGGGCACTCCAACATCTGGAATTCTCACCCGAAAAATTATGGCCCTGGATCCCGCACCTGCCGTGTTTGCGGGAACCCTCATGGAATAATTAGGAAGTACGGTTTGATGTGCTGCAGACAATGCTTCCGCAGCAATGCTAAGGAAATCGGATTTATTAAGTATCGCTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788159.1
MGHSNIWNSHPKNYGPGSRTCRVCGNPHGIIRKYGLMCCRQCFRSNAKEIGFIKYR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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