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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004946

染色体: Chr01 坐标: 67555120-67558636 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004946
名称SmilChr01G004946
描述uncharacterized SmilChr01G004946
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67555120 - 67558636 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005284
GeneID131005284
locus_tag-
NCBI NameLOC131005284
原始查询LOC131005284

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述myosin-2 heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841410]; symbol=AT1G49870; hit=AT1G49870; species=arabidopsis; confidence=medium
产物myosin-2 heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841410]; symbol=AT1G49870; hit=AT1G49870; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G49870 (AT1G49870)
myosin-2 heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841410]
identity=39.4; qcov=1.2; evalue=1.39e-154; confidence=medium
RiceOs03g0604600
-
identity=49; qcov=0.61; evalue=6.55e-111; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005284

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057788164.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057788164.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057788164.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057788164.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788164.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67555317 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 26 A22,B122,B124,B13,B140,B26,B32,B37,B4,B54,B58,B59,B63,B75,C15,C21,C25,C33,C36,C41,C51,C64,C66,C85,C9,D5
Chr1:67555522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B44,B49,C22,C64,C66
Chr1:67555534 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B25
Chr1:67555534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr1:67556220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:67556235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr1:67556486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:67556649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:67556734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr1:67556803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:67556813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D11,D6
Chr1:67556896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932181.1
ACATCAAGTTGCTCCTACACCCGATCTACAGGATTCTACTCTCCACTCGACCGTTGCAAACCGAAATATTAGCCCCCAATTGTAACGGATAGTTTCTTCCACACATATCACAATCACAGCAAAGAAATAACCAAGAACTAAAAACCAACACCCTTTTGCTGAAATTCCTTCACTCCAAAAACCCAAAAAACTGTCATCGTTTTTTTGTCTTTTCCAATTACTACCACCATTGATTCGTCCAAACATTTCCGTAATTACGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005284
ATGGATCTTCGATGTATTGACATGGGTTGTGTTGAGAAAGAGAGCAGTCCGAAGGAGTCGAGGACGTCTGCTTCTAAGCTTGGAAAGAATAAAGTAAAGGATGCGATGCCGTCTAGCTCAAATGCATTGAACAAACTCACATCCCAAATCTCTAAGCCTCCTCGTCGTAAAACTTCTCCCCTTAATTGGTTCCCGCGGAAGAAGGTGGAACCTTATCTGAAGAGGAAAATAAAAATGCTTCAGGAAGTAGATGGTATGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788164.1
MDLRCIDMGCVEKESSPKESRTSASKLGKNKVKDAMPSSSNALNKLTSQISKPPRRKTSPLNWFPRKKVEPYLKRKIKMLQEVDGMHLTLDETLGDSNPHYSRVLREKIAIREAAEKAMEARKAAMMEASWCRILQAARIESKEAEEQLSKAELSAAEAFEAARAVGVIMNDGTPDSAPNHYKIETISGKGGSTTHTVSATFETAFAVDKQVAAAVKTAFVKLANCHSINKDEFKELLHKISENPDSDDLSAVLSECDAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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