Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004952`

染色体: Chr01 坐标: 67594530-67595942 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004952`
名称	SmilChr01G004952
描述	protein TRI1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	67594530 - 67595942 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005292`
GeneID	`131005292`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005292`
原始查询	`LOC131005292`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein TRI1-like
产物	protein TRI1-like
Arabidopsis	`AT2G14880` (AT2G14880) SWIB/MDM2 domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815977] identity=58; qcov=1.06; evalue=5.73e-46; confidence=medium
Rice	`Os03g0761000` - identity=73.4; qcov=0.585; evalue=4.2e-38; confidence=medium
GO	GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF02201 (SWIB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005292

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788170.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057788170.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788170.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788170.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788170.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:67594860`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr1:67595696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr1:67595742`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B94,C39
`Chr1:67595770`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B129,B22,B27,B72,C28
`Chr1:67595791`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,C76,C77
`Chr1:67595792`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788170.1

135 aa

135

SWIB

PF02201 SWIB 60-134 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788170.1`	Pfam	`PF02201`	SWIB	Domain	60	134	1e-30	106.0	SWIB/MDM2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932187.1
GGTTGGGAAAAATTAAAAAGAAAAGAAACGAAAAACATTCATTCTTGCCGCTCTTTGCTGTGTTGCAGAGTCTTATCTACTTCACTCTTGCACCGCTTCCAAAACCCTTGCTGAAGACCTCAGAAATGGCGTTGTCTCTTGGTGTATTCTCGAGTTTCCTGCCTCGAGAAACGGTGTCGTTCGGCAACTCGCCCTCTCATCCCCAACTCAAGCTTCCTCCGGCTAACCTGCGCTCGGTTTCCATATCAGCCGCTGCCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005292
ATGGCGTTGTCTCTTGGTGTATTCTCGAGTTTCCTGCCTCGAGAAACGGTGTCGTTCGGCAACTCGCCCTCTCATCCCCAACTCAAGCTTCCTCCGGCTAACCTGCGCTCGGTTTCCATATCAGCCGCTGCCAAGCCGGCTACGGAGACGAAGAAGCGCGAGCCTCGGGGGATAATGAAGCCACGCCGTGTCTCGCCGGATATGCAGGCGTTCCTCGGCGGCGCAACGGAGATCCCCCGCACTCAGGTGCTCAAAGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788170.1
MALSLGVFSSFLPRETVSFGNSPSHPQLKLPPANLRSVSISAAAKPATETKKREPRGIMKPRRVSPDMQAFLGGATEIPRTQVLKEIWAYIKQHNLQDPADKKVIVCDEKLKKIFGGKDRVGFLEIAGLLNPHFL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器