Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004970`

染色体: Chr01 坐标: 67796442-67798996 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004970`
名称	SmilChr01G004970
描述	uncharacterized SmilChr01G004970
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	67796442 - 67798996 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005309`
GeneID	`131005309`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005309`
原始查询	`LOC131005309`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	caspase-6 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815989]; symbol=AT2G15000; hit=AT2G15000; species=arabidopsis; confidence=low
产物	caspase-6 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815989]; symbol=AT2G15000; hit=AT2G15000; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G15000` (AT2G15000) caspase-6 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815989] identity=56.1; qcov=1.04; evalue=1.68e-19; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005309

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057788192.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788192.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788192.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788192.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788192.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:67796737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr1:67796776`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A24,B106,C83
`Chr1:67796776`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A24,B106,C83
`Chr1:67798254`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B49,C22,C50,C64,C66
`Chr1:67798254`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B49,C22,C50,C64,C66
`Chr1:67798321`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:67798347`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	B118,B119,B127,B128,B34,C10,C13,C43,C58,D9
`Chr1:67798372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C5
`Chr1:67798746`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr1:67798752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B4,B95,C36
`Chr1:67798769`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B95,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932209.1
ATTATTAATGTAGTTAAGATTAATTTTGAAAAATGAGTGACCGCGCTATAGACTATCCTGCATCATTTTCTAAAACCCTCGCATTTCTCCCTAATTTCACACGAAGCAGCAACAATGGCTTGGCGCGGCTCGCTTTCCCGGTCACTCATGTCCACCGCTAGGGCTTCCGCCTCCCGCTCATCGCCGCCGCTCTCCACCCTACGCACCCTGCGTTCTCCTCCCGTTTCGTCCACTCGCCTCAACTCACGCCGCCTCTCCTT...

XM_057932211.1
TTAAGATTAATTTTGAAAAATGAGTGACCGCGCTATAGACTATCCTGCATCATTTTCTAAAACCCTCGCATTTCTCCCTAATTTCACACGAAGCAGCAACAATGGCTTGGCGCGGCTCGCTTTCCCGGTCACTCATGTCCACCGCTAGGGCTTCCGCCTCCCGCTCATCGCCGCCGCTCTCCACCCTACGCACCCTGCGTTCTCCTCCCGTTTCGTCCACTCGCCTCAACTCACGCCGCCTCTCCTTTTCCAATCCCAGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131005309
ATGGCTTGGCGCGGCTCGCTTTCCCGGTCACTCATGTCCACCGCTAGGGCTTCCGCCTCCCGCTCATCGCCGCCGCTCTCCACCCTACGCACCCTGCGTTCTCCTCCCGTTTCGTCCACTCGCCTCAACTCACGCCGCCTCTCCTTTTCCAATCCCAGCACACTGGGGGAGCTGGGATGCGCCCAATCACTATTGTCACTGCATAGGACAGTGGCCGGAGCACGGTCGACGTCTCATTTGGCTGATAATGTCCGAGCTTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057788192.1
MAWRGSLSRSLMSTARASASRSSPPLSTLRTLRSPPVSSTRLNSRRLSFSNPSTLGELGCAQSLLSLHRTVAGARSTSHLADNVRAFCELSHGPEHIWTRRAGAQI

XP_057788193.1
MAWRGSLSRSLMSTARASASRSSPPLSTLRTLRSPPVSSTRLNSRRLSFSNPSTLGELGCAQSLLSLHRTVAGARSTSHLADNVRAFCELSHGTLCRSCQDR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器