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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004981

染色体: Chr01 坐标: 67855820-67858493 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004981
名称SmilChr01G004981
描述gallate 1-beta-glucosyltransferase 84A24-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67855820 - 67858493 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005316
GeneID131005316
locus_tag-
NCBI NameLOC131005316
原始查询LOC131005316

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gallate 1-beta-glucosyltransferase 84A24-like
产物gallate 1-beta-glucosyltransferase 84A24-like
ArabidopsisAT4G15480 (UGT84A1)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827220]
identity=54.6; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0188000 (OsUGT84C1)
-
identity=47.2; qcov=0.847; evalue=4.54e-121; confidence=high
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005316

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057788201.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057788201.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788201.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788201.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788201.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67856274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B13
Chr1:67856397 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:67856406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,B8
Chr1:67856562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:67856619 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:67856658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:67856691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B13
Chr1:67856754 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B26
Chr1:67856754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:67856790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B25,B73
Chr1:67857697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:67857905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,B94,C48,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788201.1
485 aa
N
1
242
485
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 7-46 aa PF00201 UDPGT 286-406 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788201.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 7 46 1e-06 29.6 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057788201.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 286 406 1.5e-24 87.5 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932218.1
AAAAAGTCCAGATGACATTATGATATAACCACTTCGAACCCAAACACATACGCCGTCATTCGCAGCCATACATTTAATATTCAACCCCACACCTCCAAACAAACAAACAAATAAAACCTCCTAAAACGTAGCAAAACAAAACGTATGAAAATACAATCCTACATTATAAATATAACATCAATAATAGAAATAAAAAATTAAGAAAGAAAAAAAGAAGAATTATCAGAAGCTATCGAGAGTAGATATGAGCGGGAACGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005316
ATGAGCGGGAACGGTGAAAACATCCACGCTTTCATGGTCTCCTTCCCGGCGCAAGGCCACGTCAACCCGCTCCTCCGCCTGGGGCGGCGGCTGGCCAACTTCGGCGCAGCCGTCACCTTCTGCGCCCCGGAAGCCGCCGGCGCGAGCATCCGCAAAGCCAGCAAGATCAGCGACGCCGAGCAGCCCACCCCCTGCGGCGCCGGCTCCATCCGGTTCGAGTTCTTCGACGACGGTTGGGACTTCGACAACCCCAACCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788201.1
MSGNGENIHAFMVSFPAQGHVNPLLRLGRRLANFGAAVTFCAPEAAGASIRKASKISDAEQPTPCGAGSIRFEFFDDGWDFDNPNRDDICAYLAQLEAVGREKLPQLIGKEAELGRPVSCVINNPFIPWVCDVAKTLGIPSAMLWVQSCACFSAYYHYYHGVVPFPTEQHPETDVQLPCLPLLKHDEFPDFLHPRTPYVVLRDVILGQFRNLSIPFCVFMDTFQELEHENIQYMSGLIGRPIKTVGPLFKELERHAGAAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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