当前解析结果
SmilChr01G004989| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004989 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004989 |
| 描述 | protein TIC 21, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 67920755 - 67923485 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005327 |
|---|---|
| GeneID | 131005327 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005327 |
| 原始查询 | LOC131005327 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein TIC 21, chloroplastic |
| 产物 | protein TIC 21%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT2G15290 (TIC21)translocon at inner membrane of chloroplasts 21 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816018] identity=63.4; qcov=1.03; evalue=1.3e-116; confidence=high |
| Rice | Os06g0638100- identity=75; qcov=0.69; evalue=4.23e-104; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12263 (DUF3611) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005327 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057788220.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.80000 | XP_057788220.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.80000 | XP_057788220.1 |
| 4 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.40000 | XP_057788220.1 |
| 5 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.20000 | XP_057788220.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:67920967 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C45,C56 |
Chr1:67921002 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr1:67921063 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:67921336 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:67922481 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr1:67923299 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:67923319 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B112,B23,C39,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788220.1PF12263
DUF3611 102-276 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788220.1 |
Pfam | PF12263 |
DUF3611 | Family | 102 | 276 | 4.1e-55 | 187.1 | Protein of unknown function (DUF3611) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。