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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004999

染色体: Chr01 坐标: 68025025-68027367 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004999
名称SmilChr01G004999
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01400, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68025025 - 68027367 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005335
GeneID131005335
locus_tag-
NCBI NameLOC131005335
原始查询LOC131005335

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01400, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01400%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT4G01400 (AT4G01400)
oligomeric golgi complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719435]
identity=57.1; qcov=0.856; evalue=1.82e-180; confidence=high
RiceOs09g0532800
-
identity=36.8; qcov=0.783; evalue=1.78e-77; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005335

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057788234.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788234.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788234.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788234.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788234.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68025327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:68025371 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B125
Chr1:68025371 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B125
Chr1:68025375 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 1 B125
Chr1:68025375 A ACG 2bp_insertion CDS_variant 1 B125
Chr1:68025449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr1:68025638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B40,B78,D7
Chr1:68025661 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D10
Chr1:68025715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,C29,C44
Chr1:68025811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B7,C22,C51,C70
Chr1:68025850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr1:68025933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B7,C22,C24,C51,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788234.1
479 aa
N
1
240
479
TPR_24
PPR_long
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR
PPR
C
PF23276 TPR_24 115-203 aa PF17177 PPR_long 157-303 aa PF23276 TPR_24 196-274 aa PF13812 PPR_3 197-254 aa PF12854 PPR_1 205-236 aa PF13041 PPR_2 208-257 aa PF01535 PPR 212-241 aa PF12854 PPR_1 240-271 aa PF01535 PPR 247-276 aa PF13041 PPR_2 247-292 aa PF13812 PPR_3 267-325 aa PF12854 PPR_1 274-307 aa PF13041 PPR_2 278-315 aa PF01535 PPR 282-311 aa PF12854 PPR_1 309-342 aa PF13812 PPR_3 313-358 aa PF13041 PPR_2 313-362 aa PF23276 TPR_24 315-407 aa PF01535 PPR 316-346 aa PF01535 PPR 352-379 aa PF01535 PPR 391-415 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788234.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 115 203 2.4e-25 89.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057788234.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 157 303 1.2e-18 67.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057788234.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 196 274 2.4e-25 89.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057788234.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 197 254 3.4e-27 95.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788234.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 205 236 9.1e-49 163.6 PPR repeat
XP_057788234.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 208 257 5e-57 190.5 PPR repeat family
XP_057788234.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 212 241 2.1e-41 138.0 PPR repeat
XP_057788234.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 240 271 9.1e-49 163.6 PPR repeat
XP_057788234.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 247 276 2.1e-41 138.0 PPR repeat
XP_057788234.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 247 292 5e-57 190.5 PPR repeat family
XP_057788234.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 267 325 3.4e-27 95.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788234.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 274 307 9.1e-49 163.6 PPR repeat
XP_057788234.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 278 315 5e-57 190.5 PPR repeat family
XP_057788234.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 282 311 2.1e-41 138.0 PPR repeat
XP_057788234.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 309 342 9.1e-49 163.6 PPR repeat
XP_057788234.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 313 358 3.4e-27 95.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788234.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 313 362 5e-57 190.5 PPR repeat family
XP_057788234.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 315 407 2.4e-25 89.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057788234.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 316 346 2.1e-41 138.0 PPR repeat
XP_057788234.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 352 379 2.1e-41 138.0 PPR repeat
XP_057788234.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 391 415 2.1e-41 138.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932251.1
AAGATTAATTTGAAAAAACCTTTCATCTGTAACTTCTTCCACATGCGCCGCTCAGCGTGAAGCCACGGTCGGCGATGCTCTCCCTCGTCTTCTCTCTCAGCCGCCGCCGTCCGGGTTTCAATTGACGGCGTCGCCCGATCCCTAGCTCCAGATCTCGGCCTCCTCCCTGGGTTCTAATTCTGAATCAACTTTAGTGATAGAAACCAGCTAGCATTCCTTATGTGATATTTGCAGAATGCCGAATGCCATTTTCCTCAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005335
ATGCCGAATGCCATTTTCCTCAATTACATGAAGCAGTTGCAAAGAAACACACGTAGCATCTCCTCATTCTTCAATGTTGCTGATATTCCAAGAGTTTCTTGTTCATACTGTTCAGCACCCGTTAATCGTGATCAAGAAGATGAACAAGAGTATAGAGACAGACAAAAGGATCATGAACCAAAGGAGAAAACAGAACCTTCTATTTGCTCTCCAGCTCGAATCCGAAAGTTGATAGCTTCTCAAACAGATCCACTCCTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788234.1
MPNAIFLNYMKQLQRNTRSISSFFNVADIPRVSCSYCSAPVNRDQEDEQEYRDRQKDHEPKEKTEPSICSPARIRKLIASQTDPLLAKEIFDLASHQPNFRHSYATYHTLILKLGRSRHFSLMNAIISSLKSLDYSISPSLFTHIIQIYGDANLPEKALKTFYTILEFNIKPRQKHLNCILEILVANSDFLRPAFDLFRAAHRYGVSPNTNSYNIMMRAFCLNGDLSIAYTLFNHMFKRNVLPDVESYRILMQALCRKSQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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