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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005015

染色体: Chr01 坐标: 68156428-68159744 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005015
名称SmilChr01G005015
描述probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68156428 - 68159744 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005365
GeneID131005365
locus_tag-
NCBI NameLOC131005365
原始查询LOC131005365

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI2
产物probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI2
ArabidopsisAT2G16090 (ARI2)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816106]
identity=64.9; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0233500
-
identity=63.2; qcov=0.94; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000151 (ubiquitin ligase complex); GO:0000209 (protein polyubiquitination); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0031624 (ubiquitin conjugating enzyme binding); GO:0032436 (positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG-
PfamPF01485 (IBR); PF19422 (Ariadne); PF21235 (UBA_ARI1); PF22191 (IBR_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005365

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788279.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788281.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057788279.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788281.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788281.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68156680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C54,C8
Chr1:68156714 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B11,B123,B19,B53,B67,C3,C39,C78,D11
Chr1:68156848 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 35 A11,A5,B120,B137,B138,B15,B22,B24,B26,B28,B34,B67,B69,B70,B77,B8,B87,B89,B95,C1,C14,C24,C27,C34,C45,C53,C54,C55,C57,C72,C73,C74,C79,C81,D8
Chr1:68156851 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 35 A11,A5,B120,B137,B138,B15,B22,B24,B26,B28,B34,B67,B69,B70,B77,B8,B87,B89,B95,C1,C14,C24,C27,C34,C45,C53,C54,C55,C57,C72,C73,C74,C79,C81,D8
Chr1:68157005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr1:68157013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B102,B17,B54,C73
Chr1:68157038 A AAC 2bp_insertion frameshift_variant 1 A25
Chr1:68157038 A AAC 2bp_insertion CDS_variant 1 A25
Chr1:68157050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B65
Chr1:68157254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr1:68157291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B65
Chr1:68157328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B30,B49,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788279.1
553 aa
N
1
276
553
UBA_ARI1
IBR
IBR
IBR_1
Ariadne
C
PF21235 UBA_ARI1 14-53 aa PF01485 IBR 155-217 aa PF01485 IBR 233-275 aa PF22191 IBR_1 240-274 aa PF19422 Ariadne 309-541 aa
XP_057788280.1
548 aa
N
1
274
548
UBA_ARI1
IBR
IBR
IBR_1
Ariadne
C
PF21235 UBA_ARI1 16-48 aa PF01485 IBR 150-212 aa PF01485 IBR 228-270 aa PF22191 IBR_1 235-269 aa PF19422 Ariadne 304-536 aa
XP_057788281.1
515 aa
N
1
258
515
UBA_ARI1
IBR
IBR
IBR_1
Ariadne
C
PF21235 UBA_ARI1 14-53 aa PF01485 IBR 155-217 aa PF01485 IBR 233-275 aa PF22191 IBR_1 240-274 aa PF19422 Ariadne 309-505 aa
XP_057788282.1
515 aa
N
1
258
515
UBA_ARI1
IBR
IBR
IBR_1
Ariadne
C
PF21235 UBA_ARI1 14-53 aa PF01485 IBR 155-217 aa PF01485 IBR 233-275 aa PF22191 IBR_1 240-274 aa PF19422 Ariadne 309-505 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788279.1 Pfam PF21235 UBA_ARI1 Domain 14 53 1.4e-12 47.8 E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain
XP_057788279.1 Pfam PF01485 IBR Domain 155 217 9.6e-17 61.5 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057788279.1 Pfam PF01485 IBR Domain 233 275 9.6e-17 61.5 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057788279.1 Pfam PF22191 IBR_1 Domain 240 274 4.8e-06 27.1 IBR domain
XP_057788279.1 Pfam PF19422 Ariadne Domain 309 541 1.1e-102 343.8 Ariadne domain
XP_057788280.1 Pfam PF21235 UBA_ARI1 Domain 16 48 4.2e-11 43.1 E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain
XP_057788280.1 Pfam PF01485 IBR Domain 150 212 9.3e-17 61.6 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057788280.1 Pfam PF01485 IBR Domain 228 270 9.3e-17 61.6 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057788280.1 Pfam PF22191 IBR_1 Domain 235 269 4.8e-06 27.1 IBR domain
XP_057788280.1 Pfam PF19422 Ariadne Domain 304 536 1.1e-102 343.8 Ariadne domain
XP_057788281.1 Pfam PF21235 UBA_ARI1 Domain 14 53 1.2e-12 48.1 E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain
XP_057788281.1 Pfam PF01485 IBR Domain 155 217 7.4e-17 61.9 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057788281.1 Pfam PF01485 IBR Domain 233 275 7.4e-17 61.9 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057788281.1 Pfam PF22191 IBR_1 Domain 240 274 4.4e-06 27.2 IBR domain
XP_057788281.1 Pfam PF19422 Ariadne Domain 309 505 1.3e-96 323.9 Ariadne domain
XP_057788282.1 Pfam PF21235 UBA_ARI1 Domain 14 53 1.2e-12 48.1 E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain
XP_057788282.1 Pfam PF01485 IBR Domain 155 217 7.4e-17 61.9 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057788282.1 Pfam PF01485 IBR Domain 233 275 7.4e-17 61.9 IBR domain, a half RING-finger domain
XP_057788282.1 Pfam PF22191 IBR_1 Domain 240 274 4.4e-06 27.2 IBR domain
XP_057788282.1 Pfam PF19422 Ariadne Domain 309 505 1.3e-96 323.9 Ariadne domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932296.1
ATTGAACCTGGTTTCAAATGCTCCTAATTTGAACATTGCTGTAGTTGGGTCCGGATACGACTCGGATCAACCCGGTCGAAACGGTAAGTCGGTAACACTAATTTTCAGTTTTCACATGACACATAACCCGTTTATCGGATTCGGGTAGCCCGACCCATTTGAAGGTGGAAAAAAGTATGAAAAGCGAGTGATCATATAGCTGAGTTATGGGTTGACTCCATGGACTTAATCTCGATGCTGTTCCATGGGTTTGAAGGTGA...
XM_057932299.1
TATCGGATTCGGGTAGCCCGACCCATTTGAAGGTGGAAAAAAGTATGAAAAGCGAGTGATCATATAGCTGAGTTATGGGTTGACTCCATGGACTTAATCTCGATGCTGTTCCATGGGTTTGAAGGTGATCACGAGAGAGTCCTTATGGGCAGCTCAGAGGGAAGATTTGCAGACAGTGATGGAGTTGCTATCTGTGAGAGAACACCATGCCAGAACTCTTCTGATTCATTACAGATGGGATGTTGAGAAGCTGATCACAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131005365
ATGGGTTTGAAGGTGATCACGAGAGAGTCCTTATGGGCAGCTCAGACAGTGATGGAGTTGCTATCTGTGAGAGAACACCATGCCAGAACTCTTCTGATTCATTACAGATGGGATGTTGAGAAGCTGATCACAGCTTACTTCGAGAAAGGGGAATCTCGTATGTTTACACAAGTGGGAGTCACCAGGGATGAACTCCTTGTTGTCACTCCACCGGAATCTTCCTCTACGCTTCTCTGCCATATCTGTACGGATGATGTGTC...
LOC131005365
ATGGGTTTGAAGGTGATCACGAGAGAGTCCTTATGGGCAGCTCAGAGGGAAGATTTGCAGACAGTGATGGAGTTGCTATCTGTGAGAGAACACCATGCCAGAACTCTTCTGATTCATTACAGATGGGATGTTGAGAAGCTGATCACAGCTTACTTCGAGAAAGGGGAATCTCGTATGTTTACACAAGTGGGAGTCACCAGGGATGAACTCCTTGTTGTCACTCCACCGGAATCTTCCTCTACGCTTCTCTGCCATATCTG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057788279.1
MGLKVITRESLWAAQREDLQTVMELLSVREHHARTLLIHYRWDVEKLITAYFEKGESRMFTQVGVTRDELLVVTPPESSSTLLCHICTDDVSVNAVSTMDCGHCFCNTCWTEHFVVKINEGQSKRIRCMAHECNTVCDEAIVRSLVGTRHLDLAEKFDRILLESYIEDNKLVKWCPSTPHCGNAIQVENDEFCEVECSCGLQFCFSCSSEAHSPCSCSMWQLWTQKCRDESETVNWITVNTMPCPKCHKAVEKNGGCNLV...
XP_057788280.1
MGLKVITRESLWAAQTVMELLSVREHHARTLLIHYRWDVEKLITAYFEKGESRMFTQVGVTRDELLVVTPPESSSTLLCHICTDDVSVNAVSTMDCGHCFCNTCWTEHFVVKINEGQSKRIRCMAHECNTVCDEAIVRSLVGTRHLDLAEKFDRILLESYIEDNKLVKWCPSTPHCGNAIQVENDEFCEVECSCGLQFCFSCSSEAHSPCSCSMWQLWTQKCRDESETVNWITVNTMPCPKCHKAVEKNGGCNLVRCVCG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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