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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005014

染色体: Chr01 坐标: 68147387-68153704 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005014
名称SmilChr01G005014
描述uncharacterized SmilChr01G005014
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68147387 - 68153704 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005371
GeneID131005371
locus_tag-
NCBI NameLOC131005371
原始查询LOC131005371

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述electron transporter, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836792]; symbol=AT5G66600; hit=AT5G66600; species=arabidopsis; confidence=medium
产物electron transporter, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836792]; symbol=AT5G66600; hit=AT5G66600; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G66600 (AT5G66600)
electron transporter, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836792]
identity=38; qcov=1.08; evalue=2.68e-117; confidence=medium
RiceOs03g0769000
-
identity=35.4; qcov=1.09; evalue=3.75e-97; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04784 (DUF547); PF14389 (Lzipper-MIP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005371

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057788290.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057788290.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057788290.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788290.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788290.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68147648 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B50
Chr1:68147648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr1:68147683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:68147779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,C22
Chr1:68147987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:68148001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:68148014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,D9
Chr1:68148053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,C13,D10,D3
Chr1:68148233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:68148505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,C37,C38
Chr1:68148551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B129
Chr1:68148690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,C13,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788290.1
528 aa
N
1
264
528
Lzipper-MIP1
DUF547
C
PF14389 Lzipper-MIP1 18-92 aa PF04784 DUF547 323-456 aa
XP_057788291.1
528 aa
N
1
264
528
Lzipper-MIP1
DUF547
C
PF14389 Lzipper-MIP1 18-92 aa PF04784 DUF547 323-456 aa
XP_057788292.1
528 aa
N
1
264
528
Lzipper-MIP1
DUF547
C
PF14389 Lzipper-MIP1 18-92 aa PF04784 DUF547 323-456 aa
XP_057788293.1
528 aa
N
1
264
528
Lzipper-MIP1
DUF547
C
PF14389 Lzipper-MIP1 18-92 aa PF04784 DUF547 323-456 aa
XP_057788294.1
528 aa
N
1
264
528
Lzipper-MIP1
DUF547
C
PF14389 Lzipper-MIP1 18-92 aa PF04784 DUF547 323-456 aa
XP_057788295.1
528 aa
N
1
264
528
Lzipper-MIP1
DUF547
C
PF14389 Lzipper-MIP1 18-92 aa PF04784 DUF547 323-456 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788290.1 Pfam PF14389 Lzipper-MIP1 Family 18 92 8.3e-17 62.0 Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
XP_057788290.1 Pfam PF04784 DUF547 Family 323 456 4.4e-41 140.5 Protein of unknown function, DUF547
XP_057788291.1 Pfam PF14389 Lzipper-MIP1 Family 18 92 8.3e-17 62.0 Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
XP_057788291.1 Pfam PF04784 DUF547 Family 323 456 4.4e-41 140.5 Protein of unknown function, DUF547
XP_057788292.1 Pfam PF14389 Lzipper-MIP1 Family 18 92 8.3e-17 62.0 Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
XP_057788292.1 Pfam PF04784 DUF547 Family 323 456 4.4e-41 140.5 Protein of unknown function, DUF547
XP_057788293.1 Pfam PF14389 Lzipper-MIP1 Family 18 92 8.3e-17 62.0 Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
XP_057788293.1 Pfam PF04784 DUF547 Family 323 456 4.4e-41 140.5 Protein of unknown function, DUF547
XP_057788294.1 Pfam PF14389 Lzipper-MIP1 Family 18 92 8.3e-17 62.0 Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
XP_057788294.1 Pfam PF04784 DUF547 Family 323 456 4.4e-41 140.5 Protein of unknown function, DUF547
XP_057788295.1 Pfam PF14389 Lzipper-MIP1 Family 18 92 8.3e-17 62.0 Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
XP_057788295.1 Pfam PF04784 DUF547 Family 323 456 4.4e-41 140.5 Protein of unknown function, DUF547

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932312.1
TTTTATTTTTTTCTCCTTACCGACATATATCCTACCTTCTTATTTTCTTACCGACATTCCTGTCTTATATTTATATGTTTCTATATTTAGACGAGGATTCAAATCCATTATTTCAATTATGCACCACACATATCATTAATGGTTCCGACATGTTTGTGGAGAGCTGCAGATGGTCTTCATTAAATGAGGTGTTTTCGCTCTCTGCCGTGCTGTCCGCTTCTAGCATTTATTGCCCTCTGCAATTTTGATTAAACATTAGT...
XM_057932311.1
TTTTATTTTTTTCTCCTTACCGACATATATCCTACCTTCTTATTTTCTTACCGACATTCCTGTCTTATATTTATATGTTTCTATATTTAGACGAGGATTCAAATCCATTATTTCAATTATGCACCACACATATCATTAATGGTTCCGACATGTTTGTGGAGAGCTGCAGATGGTCTTCATTAAATGAGCTGAAATTACTAAGTGGGAGTGGTGATAGGTCCCTAAATCTGGACATGGAGAGTTTGAAGTTTGAATCCATT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131005371
ATGGGGCACTTGAACAAGTTGGAGCCCAAGAAGAGGCAACTCTCCTCAGCCAGTTTGTTGAAAGAAGAGATTGTGCAGCTCCAGAAAGAGCTAGAGGGCCAAACTGTGGTGCGTTCCGCGCTAGAGAAGGCGCTGAATCACCGGCCTCTCTTGGATGACTCGACGTTCAAATCACTCTCTCAGCCTGCAGAAAATCTGGTAAAAGAGATAGCCCTTCTGGAGTTGGAGGTTGTGTATTTGGAGAAGTACCTTCTCTCAAT...
LOC131005371
ATGGGGCACTTGAACAAGTTGGAGCCCAAGAAGAGGCAACTCTCCTCAGCCAGTTTGTTGAAAGAAGAGATTGTGCAGCTCCAGAAAGAGCTAGAGGGCCAAACTGTGGTGCGTTCCGCGCTAGAGAAGGCGCTGAATCACCGGCCTCTCTTGGATGACTCGACGTTCAAATCACTCTCTCAGCCTGCAGAAAATCTGGTAAAAGAGATAGCCCTTCTGGAGTTGGAGGTTGTGTATTTGGAGAAGTACCTTCTCTCAAT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057788290.1
MGHLNKLEPKKRQLSSASLLKEEIVQLQKELEGQTVVRSALEKALNHRPLLDDSTFKSLSQPAENLVKEIALLELEVVYLEKYLLSMYRSSFAKRLSPLPKGDARPKTDAEAPSWIRSVEVVAKSSLESVSEESVIRVGGDDPNNAFPLRCNELLGSDALADTGIYRSHSSLSHSACSFRASPPNGAVAEALDSYHSLPLSMLEHTSEDGNRAEDPRCSFRETPNWISEEMIRCISTIYCHLSDPPLPSQAFGSFSLSSP...
XP_057788291.1
MGHLNKLEPKKRQLSSASLLKEEIVQLQKELEGQTVVRSALEKALNHRPLLDDSTFKSLSQPAENLVKEIALLELEVVYLEKYLLSMYRSSFAKRLSPLPKGDARPKTDAEAPSWIRSVEVVAKSSLESVSEESVIRVGGDDPNNAFPLRCNELLGSDALADTGIYRSHSSLSHSACSFRASPPNGAVAEALDSYHSLPLSMLEHTSEDGNRAEDPRCSFRETPNWISEEMIRCISTIYCHLSDPPLPSQAFGSFSLSSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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